More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_2825 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  100 
 
 
548 aa  1125    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  36.77 
 
 
451 aa  196  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.78 
 
 
321 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.96 
 
 
571 aa  189  1e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  30.46 
 
 
1037 aa  182  1e-44  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.27 
 
 
769 aa  177  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.46 
 
 
307 aa  176  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.11 
 
 
844 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  46.52 
 
 
345 aa  177  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.82 
 
 
419 aa  176  9e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.19 
 
 
492 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  48.89 
 
 
350 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 
578 aa  170  7e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.07 
 
 
307 aa  169  9e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.25 
 
 
730 aa  169  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.735464 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.51 
 
 
550 aa  168  2e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.42 
 
 
1000 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.4 
 
 
843 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.23 
 
 
437 aa  164  4.0000000000000004e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.71 
 
 
1134 aa  163  6e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.56424 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.05 
 
 
698 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.91 
 
 
505 aa  162  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3893  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.67 
 
 
853 aa  162  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.49 
 
 
648 aa  160  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.83 
 
 
458 aa  159  9e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2865  Signal transduction histidine kinase-like protein  31.67 
 
 
2213 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000726448 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.05 
 
 
301 aa  159  2e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.45 
 
 
305 aa  158  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3153  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.01 
 
 
842 aa  157  4e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.256561  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2470  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.51 
 
 
719 aa  157  4e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000357603 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.82 
 
 
531 aa  157  6e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0532  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.41 
 
 
814 aa  155  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.202889  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30 
 
 
827 aa  155  1e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.16 
 
 
686 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3530  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.58 
 
 
654 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  32.92 
 
 
1301 aa  154  4e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.69 
 
 
572 aa  154  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.6 
 
 
1038 aa  153  7e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  33.79 
 
 
297 aa  152  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  46.49 
 
 
318 aa  152  1e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1260  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.26 
 
 
423 aa  153  1e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  47.19 
 
 
525 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  35.82 
 
 
634 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1683  sensory box protein  36.74 
 
 
853 aa  152  2e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.69 
 
 
407 aa  152  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3484  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.75 
 
 
717 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.049586 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  28.43 
 
 
428 aa  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.87 
 
 
444 aa  151  3e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1343  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.95 
 
 
859 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0844288  hitchhiker  0.00464954 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.68 
 
 
951 aa  150  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.1 
 
 
832 aa  150  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2406  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.8 
 
 
1301 aa  150  6e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.86 
 
 
525 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.88 
 
 
334 aa  150  7e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1062  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.91 
 
 
1027 aa  150  7e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.782086  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0739  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.56 
 
 
735 aa  150  8e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  48.92 
 
 
377 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  46.51 
 
 
792 aa  150  8e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.97 
 
 
424 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.51 
 
 
586 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.21 
 
 
320 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.83 
 
 
797 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
320 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  45.09 
 
 
574 aa  148  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.01 
 
 
469 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.8 
 
 
461 aa  147  5e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  43.03 
 
 
364 aa  147  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.43 
 
 
322 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  41.44 
 
 
632 aa  147  7.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.15 
 
 
962 aa  147  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.29 
 
 
316 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.8 
 
 
1466 aa  146  8.000000000000001e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  33.55 
 
 
319 aa  146  9e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3217  signal transduction protein  28.34 
 
 
951 aa  146  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00711667  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  39.44 
 
 
322 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  30.15 
 
 
513 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.3 
 
 
1120 aa  146  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  41.41 
 
 
353 aa  146  1e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 
407 aa  145  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.45 
 
 
625 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0547  sensory box protein  27.92 
 
 
1214 aa  145  2e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.428302  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.9 
 
 
564 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  46.95 
 
 
412 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2195  diguanylate cyclase  44.05 
 
 
496 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.741232  normal  0.445673 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  45.62 
 
 
646 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  43.43 
 
 
220 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  38.33 
 
 
637 aa  145  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.54 
 
 
342 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  32.47 
 
 
620 aa  145  2e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  40.78 
 
 
323 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.95 
 
 
801 aa  145  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.06 
 
 
1144 aa  145  2e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  46.58 
 
 
483 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
324 aa  145  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.73 
 
 
951 aa  145  3e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.83 
 
 
438 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.42 
 
 
306 aa  144  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.54 
 
 
328 aa  144  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.89 
 
 
794 aa  144  4e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>