More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0636 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  100 
 
 		 559 aa  1103    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.13 
 
 		 487 aa  281  2e-74  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  33.66 
 
 		 511 aa  172  2e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  45.21 
 
 		 565 aa  171  3e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.16 
 
 		 572 aa  154  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 622 aa  153  7e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  30.6 
 
 		 472 aa  153  8e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  38.91 
 
 		 612 aa  153  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.8 
 
 		 531 aa  150  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  48.52 
 
 		 357 aa  149  9e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.31 
 
 		 710 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.19 
 
 		 796 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  39.37 
 
 		 624 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 610 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.78 
 
 		 800 aa  148  3e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1583  GGDEF domain-containing protein  31.91 
 
 		 472 aa  148  3e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 382 aa  148  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 624 aa  148  3e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  43.5 
 
 		 344 aa  147  5e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.43 
 
 		 772 aa  147  6e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 638 aa  147  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  38.03 
 
 		 625 aa  147  7.0000000000000006e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.54 
 
 		 467 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 1037 aa  146  8.000000000000001e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 625 aa  146  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 591 aa  146  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  28.48 
 
 		 476 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 611 aa  145  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 631 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 360 aa  145  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  41.82 
 
 		 689 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 237 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 1078 aa  144  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.16 
 
 		 698 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 		 796 aa  144  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  42.29 
 
 		 364 aa  143  7e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  43.84 
 
 		 388 aa  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 381 aa  143  7e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  45.51 
 
 		 323 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 661 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 405 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 		 610 aa  142  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  44.91 
 
 		 796 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 591 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.82 
 
 		 769 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.23 
 
 		 827 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 621 aa  142  1.9999999999999998e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  37.84 
 
 		 346 aa  142  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 470 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  42.6 
 
 		 381 aa  142  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 317 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 281 aa  141  3e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 220 aa  141  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 317 aa  141  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 432 aa  141  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 308 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 308 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 641 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 587 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 336 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 307 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 314 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  41.1 
 
 		 721 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 306 aa  140  6e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 306 aa  140  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 426 aa  140  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  37.23 
 
 		 794 aa  140  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 401 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 432 aa  140  7e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  35.15 
 
 		 464 aa  140  7e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 338 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.31 
 
 		 512 aa  139  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 1004 aa  139  1e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 775 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 555 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 343 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  40.53 
 
 		 628 aa  139  1e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 307 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  40.5 
 
 		 580 aa  139  1e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.9 
 
 		 686 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.31 
 
 		 792 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 623 aa  139  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 578 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 581 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 821 aa  139  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.36 
 
 		 438 aa  139  2e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.68 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.63 
 
 		 550 aa  138  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 753 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 628 aa  137  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  35.98 
 
 		 427 aa  137  4e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 422 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  39.27 
 
 		 466 aa  137  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 361 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>