More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1466 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1466  diguanylate cyclase  100 
 
 		 307 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.412143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  48 
 
 		 237 aa  151  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.96 
 
 		 464 aa  151  2e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 620 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.23 
 
 		 659 aa  150  2e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  46.29 
 
 		 559 aa  149  6e-35  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  42.21 
 
 		 361 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 1078 aa  147  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  48.3 
 
 		 422 aa  146  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 366 aa  145  6e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  34.03 
 
 		 418 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 469 aa  145  1e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 559 aa  144  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 		 901 aa  144  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  46.39 
 
 		 457 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 454 aa  144  2e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.81 
 
 		 425 aa  143  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  41.46 
 
 		 355 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.24 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 424 aa  143  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 355 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  46.39 
 
 		 457 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  44.89 
 
 		 457 aa  142  8e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.31 
 
 		 794 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.16 
 
 		 772 aa  141  9.999999999999999e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.81 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  42.93 
 
 		 461 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.17 
 
 		 800 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2077  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.984314  normal  0.163131 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 354 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  41.85 
 
 		 457 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 419 aa  140  1.9999999999999998e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 796 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  47.59 
 
 		 457 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  49.36 
 
 		 530 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 583 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 714 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 768 aa  140  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  45.78 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  41.3 
 
 		 457 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 356 aa  140  3e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  42.39 
 
 		 455 aa  139  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  45.78 
 
 		 466 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  44.2 
 
 		 563 aa  139  3.9999999999999997e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  45.81 
 
 		 369 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 730 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  43.68 
 
 		 454 aa  139  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  40.2 
 
 		 355 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  48.41 
 
 		 611 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.83 
 
 		 753 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  44.75 
 
 		 338 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.98 
 
 		 634 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.11 
 
 		 710 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 355 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 505 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  37.5 
 
 		 949 aa  139  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.86 
 
 		 344 aa  138  1e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 610 aa  138  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  46.55 
 
 		 467 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 347 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 392 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 569 aa  138  1e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.04 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 459 aa  137  2e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.82 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.79 
 
 		 1125 aa  137  2e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  44.02 
 
 		 457 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 322 aa  137  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  44.58 
 
 		 457 aa  137  3.0000000000000003e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  44.19 
 
 		 342 aa  136  4e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  40 
 
 		 443 aa  136  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 355 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  44.91 
 
 		 323 aa  136  5e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  42.51 
 
 		 323 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  41.53 
 
 		 457 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 351 aa  135  8e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  44.03 
 
 		 325 aa  135  8e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  46.45 
 
 		 308 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 487 aa  135  9e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 775 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 646 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  40.59 
 
 		 712 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.54 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 446 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  45.03 
 
 		 531 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 360 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1595  response regulator receiver domain-containing protein  43.93 
 
 		 234 aa  134  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000347977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.29 
 
 		 689 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 722 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  39.87 
 
 		 477 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.92 
 
 		 796 aa  133  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 574 aa  133  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 550 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 352 aa  133  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>