More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0273 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
1078 aa  2225    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.99 
 
 
1094 aa  239  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2336  signal transduction histidine kinase  30.53 
 
 
3706 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0281  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.13 
 
 
688 aa  218  7e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.113851 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  29.4 
 
 
1000 aa  208  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  48.77 
 
 
237 aa  206  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.26 
 
 
659 aa  205  3e-51  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.9 
 
 
843 aa  200  1.0000000000000001e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.71 
 
 
424 aa  198  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
419 aa  198  5.000000000000001e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  27.8 
 
 
1037 aa  192  2e-47  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  25.85 
 
 
791 aa  190  1e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1143 aa  189  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4425  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25 
 
 
1143 aa  190  2e-46  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 
901 aa  189  3e-46  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.3 
 
 
505 aa  189  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.15 
 
 
1021 aa  187  8e-46  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32 
 
 
458 aa  187  1.0000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 
476 aa  181  8e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  31.39 
 
 
425 aa  180  2e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  33.93 
 
 
768 aa  179  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  37.07 
 
 
420 aa  178  4e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.33 
 
 
646 aa  178  5e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.73 
 
 
796 aa  178  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.73 
 
 
800 aa  178  6e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.73 
 
 
994 aa  178  6e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30.34 
 
 
418 aa  177  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.61 
 
 
794 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  28.76 
 
 
796 aa  176  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1372  putative PAS/PAC sensor protein  32.83 
 
 
655 aa  176  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6160  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.17 
 
 
1007 aa  175  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0596  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.94 
 
 
1471 aa  174  9e-42  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.86 
 
 
437 aa  173  1e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.73 
 
 
796 aa  174  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3536  putative PAS/PAC sensor protein  30.71 
 
 
653 aa  172  4e-41  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0821285  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  48.72 
 
 
487 aa  171  6e-41  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.42 
 
 
730 aa  171  7e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.59 
 
 
669 aa  170  1e-40  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  60.33 
 
 
794 aa  171  1e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1520  multi-sensor signal transduction histidine kinase  23.87 
 
 
1325 aa  169  2e-40  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.120961 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0647  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  36.23 
 
 
1741 aa  169  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.294056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1887  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  23.82 
 
 
1092 aa  169  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  30.14 
 
 
451 aa  167  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  49.71 
 
 
753 aa  167  8e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.24 
 
 
612 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  25.55 
 
 
1390 aa  166  2.0000000000000002e-39  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1021  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.36 
 
 
1051 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126981  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  49.07 
 
 
227 aa  166  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.13 
 
 
492 aa  166  3e-39  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.82 
 
 
827 aa  165  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.89 
 
 
771 aa  165  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27 
 
 
796 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
772 aa  164  6e-39  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
302 aa  164  7e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1166  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.37 
 
 
780 aa  164  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.48 
 
 
578 aa  164  7e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.54 
 
 
1278 aa  164  9e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.76 
 
 
777 aa  164  9e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  49.39 
 
 
340 aa  164  1e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.05 
 
 
438 aa  163  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1931  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.65 
 
 
1289 aa  164  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0959119  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.97 
 
 
550 aa  164  1e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 
407 aa  163  2e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.96 
 
 
1404 aa  163  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  32.92 
 
 
323 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.75 
 
 
738 aa  162  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2785  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.24 
 
 
648 aa  162  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  33.11 
 
 
539 aa  161  7e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.33 
 
 
710 aa  160  9e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.52 
 
 
610 aa  160  1e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.76 
 
 
572 aa  160  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3623  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.53 
 
 
583 aa  160  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0877329 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.49 
 
 
1012 aa  160  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  41.67 
 
 
634 aa  160  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.49 
 
 
416 aa  159  2e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0383  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.14 
 
 
746 aa  160  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  49.08 
 
 
456 aa  160  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  48.45 
 
 
452 aa  159  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4631  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  27.12 
 
 
1278 aa  159  3e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.97 
 
 
416 aa  159  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  41.59 
 
 
736 aa  159  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  44.19 
 
 
366 aa  158  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  48.52 
 
 
735 aa  157  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  34.89 
 
 
459 aa  157  1e-36  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  45.35 
 
 
738 aa  157  1e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  33.77 
 
 
632 aa  157  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  29.15 
 
 
428 aa  157  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1681  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.2 
 
 
496 aa  156  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.650455  unclonable  0.00000301378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.89 
 
 
890 aa  156  2e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.48 
 
 
820 aa  155  2.9999999999999998e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 
751 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  44.77 
 
 
457 aa  155  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
844 aa  155  4e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  30.97 
 
 
398 aa  155  4e-36  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  24.08 
 
 
1245 aa  155  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  47.31 
 
 
712 aa  155  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  45.68 
 
 
461 aa  155  5.9999999999999996e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4323  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.88 
 
 
716 aa  154  7e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.398035  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.08 
 
 
1212 aa  154  8e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1673  sensory box protein  28.17 
 
 
1346 aa  153  1e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.338574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>