More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1695 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  51.36 
 
 		 736 aa  692    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  100 
 
 		 753 aa  1506    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  44.43 
 
 		 735 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  43.17 
 
 		 738 aa  598  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  58.74 
 
 		 227 aa  236  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  52.28 
 
 		 456 aa  202  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  55.81 
 
 		 452 aa  184  7e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.54 
 
 		 438 aa  174  5e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  50.86 
 
 		 366 aa  171  4e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.71 
 
 		 1078 aa  167  5.9999999999999996e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 532 aa  167  6.9999999999999995e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 487 aa  162  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 476 aa  162  2e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  49.42 
 
 		 689 aa  162  3e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 432 aa  160  5e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  51.53 
 
 		 378 aa  160  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.8 
 
 		 569 aa  160  1e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  42.35 
 
 		 340 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 237 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  45.91 
 
 		 634 aa  159  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  46.74 
 
 		 336 aa  157  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.74 
 
 		 419 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 454 aa  155  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.52 
 
 		 794 aa  156  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  50 
 
 		 437 aa  155  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 432 aa  155  2.9999999999999998e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  42.57 
 
 		 362 aa  155  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  48.48 
 
 		 418 aa  154  5e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  44.67 
 
 		 531 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 332 aa  154  8e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 555 aa  154  8.999999999999999e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.7 
 
 		 791 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.23 
 
 		 424 aa  153  1e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.28 
 
 		 800 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.36 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  49.39 
 
 		 680 aa  152  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 768 aa  152  2e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 492 aa  152  3e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.28 
 
 		 796 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.64 
 
 		 796 aa  151  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.6 
 
 		 820 aa  151  4e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  48.91 
 
 		 583 aa  151  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 555 aa  151  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 354 aa  151  5e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 379 aa  150  8e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 796 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.42 
 
 		 772 aa  150  1.0000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  46.2 
 
 		 334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  50 
 
 		 510 aa  150  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 659 aa  149  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  47.88 
 
 		 425 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  44.25 
 
 		 407 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.72 
 
 		 1637 aa  149  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 405 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  45.41 
 
 		 580 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 380 aa  148  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 439 aa  149  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  42.02 
 
 		 565 aa  148  3e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 355 aa  148  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.94 
 
 		 370 aa  149  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.34 
 
 		 686 aa  148  4.0000000000000006e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  51.79 
 
 		 510 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  47.22 
 
 		 291 aa  147  5e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 355 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 381 aa  147  6e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 505 aa  147  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  41.63 
 
 		 352 aa  147  6e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 565 aa  147  7.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.98 
 
 		 646 aa  147  1e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 681 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 510 aa  146  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 631 aa  145  2e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  50.29 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 775 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 569 aa  145  3e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 385 aa  145  3e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 370 aa  145  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  42.26 
 
 		 430 aa  144  4e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 485 aa  144  4e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4153  putative sensory box/GGDEF family protein  42.26 
 
 		 430 aa  144  5e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.36181  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  48.89 
 
 		 1008 aa  144  5e-33  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2743  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 431 aa  144  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.241398  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 559 aa  144  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 355 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.71 
 
 		 669 aa  144  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  48.1 
 
 		 308 aa  144  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 486 aa  144  8e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 387 aa  143  9e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  46.67 
 
 		 317 aa  143  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 477 aa  143  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50.55 
 
 		 519 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  46.07 
 
 		 470 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  38.1 
 
 		 355 aa  143  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 464 aa  143  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 354 aa  143  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 365 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  47.54 
 
 		 510 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  46.84 
 
 		 308 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  44.03 
 
 		 555 aa  143  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>