More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3903 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  100 
 
 		 370 aa  730    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 377 aa  238  1e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 382 aa  219  5e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  41.59 
 
 		 388 aa  211  2e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.54 
 
 		 346 aa  176  8e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 372 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  35.08 
 
 		 345 aa  172  5.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 357 aa  169  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 382 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4451  diguanylate cyclase  37.15 
 
 		 368 aa  156  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 375 aa  154  2e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  36.66 
 
 		 381 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38420  GGDEF Response Regulator  36.69 
 
 		 381 aa  150  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 401 aa  149  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  35.12 
 
 		 381 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.7 
 
 		 730 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 487 aa  146  5e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 457 aa  145  8.000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 753 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  37.43 
 
 		 340 aa  143  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  43.59 
 
 		 689 aa  142  6e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  47.27 
 
 		 373 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.28 
 
 		 1078 aa  141  1.9999999999999998e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 372 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56280  hypothetical protein  34.65 
 
 		 375 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  50 
 
 		 237 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  33.43 
 
 		 381 aa  140  3.9999999999999997e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  39.68 
 
 		 565 aa  139  6e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.2 
 
 		 669 aa  139  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  40.4 
 
 		 467 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 364 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 569 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  34.32 
 
 		 375 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1500  diguanylate cyclase  31.01 
 
 		 357 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 680 aa  138  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1863  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.150647 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6286  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 668 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 464 aa  137  3.0000000000000003e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 355 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 307 aa  137  4e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.75 
 
 		 424 aa  136  5e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 464 aa  136  5e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  39.15 
 
 		 949 aa  136  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 521 aa  136  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.62 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  44.38 
 
 		 531 aa  135  8e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 354 aa  135  9e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  48.12 
 
 		 493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  48.12 
 
 		 493 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43 
 
 		 474 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 578 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1830  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 941 aa  135  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  43.27 
 
 		 422 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.44 
 
 		 381 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 368 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 237 aa  134  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  33 
 
 		 414 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.79 
 
 		 671 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  47.06 
 
 		 381 aa  133  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 370 aa  133  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  42.65 
 
 		 365 aa  133  5e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 548 aa  133  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40.85 
 
 		 413 aa  133  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 512 aa  133  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  46.67 
 
 		 583 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 638 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 332 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2750  diguanylate cyclase  40.44 
 
 		 380 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 438 aa  131  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.31 
 
 		 387 aa  132  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 492 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  47.5 
 
 		 493 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  38.92 
 
 		 266 aa  131  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  38.07 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.58 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0569  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 403 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1497  response regulator PleD  42.78 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.122959 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 738 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 378 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  38.58 
 
 		 454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  39.89 
 
 		 459 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 466 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.98 
 
 		 675 aa  130  3e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 464 aa  130  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 362 aa  130  3e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 634 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  37.2 
 
 		 357 aa  130  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  39.13 
 
 		 588 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 901 aa  130  4.0000000000000003e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.45 
 
 		 419 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3143  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 614 aa  130  4.0000000000000003e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.212991  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>