More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1745 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  100 
 
 		 401 aa  805    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  61.17 
 
 		 381 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  60.61 
 
 		 381 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  56.88 
 
 		 382 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  58.33 
 
 		 381 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 381 aa  183  4.0000000000000006e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  36.51 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  34.99 
 
 		 357 aa  169  9e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 414 aa  164  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 388 aa  164  3e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 388 aa  162  7e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 342 aa  159  9e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 382 aa  159  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 901 aa  153  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.57 
 
 		 772 aa  152  1e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 377 aa  151  2e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 424 aa  150  4e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 372 aa  149  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 370 aa  147  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 361 aa  147  3e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.92 
 
 		 710 aa  147  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 540 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 610 aa  145  2e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 559 aa  143  7e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 308 aa  143  7e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  43.45 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  45.68 
 
 		 413 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 556 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 459 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  44.06 
 
 		 381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 1078 aa  140  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 355 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 422 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 768 aa  139  7e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.24 
 
 		 722 aa  139  7e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.04 
 
 		 539 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.33 
 
 		 322 aa  139  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.67 
 
 		 476 aa  139  1e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 381 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  42.26 
 
 		 308 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  41.88 
 
 		 542 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  47.65 
 
 		 391 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 531 aa  138  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  40.43 
 
 		 565 aa  137  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 466 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 454 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  43.07 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 309 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  42.53 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1138  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 345 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  41.1 
 
 		 542 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 491 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  47.67 
 
 		 455 aa  136  7.000000000000001e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 307 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  41.95 
 
 		 628 aa  136  8e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 487 aa  135  9e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1264  diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417106 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2619  diguanylate cyclase  38.83 
 
 		 471 aa  135  9.999999999999999e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.912775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 569 aa  135  9.999999999999999e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 492 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 736 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 583 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  40.46 
 
 		 407 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.74 
 
 		 698 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 638 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  38.14 
 
 		 1643 aa  135  1.9999999999999998e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 378 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.59 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  37.05 
 
 		 559 aa  134  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  43.02 
 
 		 457 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 1004 aa  134  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 659 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 373 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  39.09 
 
 		 609 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 		 317 aa  134  3.9999999999999996e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  35.39 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 732 aa  133  6e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 300 aa  133  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 369 aa  132  6.999999999999999e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  41.34 
 
 		 599 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1759  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 266 aa  132  7.999999999999999e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0198551  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 466 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 466 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 336 aa  132  9e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 451 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 467 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2458  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0038225 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 611 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  44.52 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>