More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1914 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 381 aa  776    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  79.27 
 
 		 381 aa  631  1e-180  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1745  diguanylate cyclase  59.95 
 
 		 401 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.597218  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  65.7 
 
 		 381 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  53.56 
 
 		 382 aa  420  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 357 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  34.92 
 
 		 346 aa  169  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  32.64 
 
 		 381 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 414 aa  157  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  39.7 
 
 		 388 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  40 
 
 		 388 aa  153  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.57 
 
 		 772 aa  150  3e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2157  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 372 aa  150  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000200238  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0893  diguanylate cyclase  35 
 
 		 424 aa  149  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.294746  normal  0.440044 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3903  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0522591 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.07 
 
 		 901 aa  145  1e-33  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0567  diguanylate cyclase  34.65 
 
 		 377 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  45.51 
 
 		 308 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  45.96 
 
 		 413 aa  143  6e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  44.23 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.5 
 
 		 710 aa  142  9.999999999999999e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 		 730 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 559 aa  142  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 422 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.18 
 
 		 459 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 300 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.35 
 
 		 669 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0623  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 556 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.1 
 
 		 539 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.677434  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 491 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 382 aa  139  7e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0138  diguanylate cyclase  33.42 
 
 		 355 aa  139  7e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 362 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1537  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 381 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  35.34 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 335 aa  138  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4837  response regulator  40.76 
 
 		 551 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.978785  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 381 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  39.81 
 
 		 585 aa  137  3.0000000000000003e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 314 aa  137  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  41.94 
 
 		 542 aa  137  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3540  diguanylate cyclase  31.86 
 
 		 365 aa  137  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.123648 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 610 aa  136  5e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 308 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  41.94 
 
 		 542 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0674  diguanylate cyclase  40.56 
 
 		 355 aa  136  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.811028 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1817  GGDEF family protein  40.94 
 
 		 512 aa  136  7.000000000000001e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 374 aa  135  8e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  37.7 
 
 		 722 aa  135  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 361 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 532 aa  135  9.999999999999999e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  45.78 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 459 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.195913 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0723  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 540 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0563  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 451 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  42.07 
 
 		 425 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0795  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 249 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 332 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0261  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 463 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.3078  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 1004 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  45.57 
 
 		 355 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0039  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 521 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 476 aa  134  1.9999999999999998e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  41.76 
 
 		 609 aa  134  3e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 611 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 659 aa  134  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4901  hypothetical protein  31.87 
 
 		 375 aa  134  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.296494  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  37.22 
 
 		 548 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0602  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 451 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4377  GGDEF  39.49 
 
 		 551 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  35.31 
 
 		 375 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0608  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 452 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0597995 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 382 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 531 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0498  diguanylate cyclase  45.61 
 
 		 461 aa  133  5e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.916227  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  30.13 
 
 		 487 aa  133  5e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 715 aa  133  5e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.47 
 
 		 308 aa  133  6e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.25 
 
 		 457 aa  133  6e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 768 aa  133  6e-30  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 620 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 775 aa  132  6.999999999999999e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.09 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  45.91 
 
 		 202 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 464 aa  132  7.999999999999999e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 322 aa  132  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  42.07 
 
 		 339 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2716  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 636 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0179449 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 261 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  37.8 
 
 		 493 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.26 
 
 		 499 aa  132  9e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.07 
 
 		 578 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  40 
 
 		 464 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>