More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0613 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  100 
 
 
611 aa  1232    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.85 
 
 
634 aa  422  1e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  42.29 
 
 
768 aa  244  3.9999999999999997e-63  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.02 
 
 
424 aa  209  1e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  37.63 
 
 
420 aa  202  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.74 
 
 
419 aa  201  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  37.12 
 
 
418 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.74 
 
 
791 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1041  diguanylate cyclase  39.01 
 
 
791 aa  191  5e-47  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
659 aa  184  3e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  35.98 
 
 
425 aa  183  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  37.1 
 
 
427 aa  182  1e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  56.1 
 
 
487 aa  182  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001647  sensory box/GGDEF family protein  28.26 
 
 
626 aa  177  6e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00111686  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.08 
 
 
416 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
416 aa  173  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.137039  normal  0.392599 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00827  hypothetical protein  26.84 
 
 
626 aa  171  3e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1114  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34 
 
 
722 aa  171  4e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.307073 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2055  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.2 
 
 
1034 aa  167  4e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.55 
 
 
772 aa  167  6.9999999999999995e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2101  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  36.27 
 
 
849 aa  165  2.0000000000000002e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.57 
 
 
481 aa  165  3e-39  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0636  sensory box/GGDEF family protein  24.25 
 
 
642 aa  162  2e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.51 
 
 
505 aa  161  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.04 
 
 
307 aa  161  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.13 
 
 
610 aa  160  7e-38  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  50.61 
 
 
439 aa  160  7e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.24 
 
 
481 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 
901 aa  157  4e-37  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  48.73 
 
 
492 aa  157  5.0000000000000005e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.09 
 
 
1082 aa  156  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  46.63 
 
 
689 aa  156  1e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  35.56 
 
 
654 aa  155  2e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  47.2 
 
 
778 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  46.63 
 
 
712 aa  155  2.9999999999999998e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.96 
 
 
461 aa  154  4e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 
301 aa  154  4e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  45.56 
 
 
620 aa  154  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3480  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.23 
 
 
562 aa  153  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.629722  normal  0.285223 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1889  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.23 
 
 
562 aa  153  8.999999999999999e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.969395  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  48.21 
 
 
422 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3606  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 
757 aa  152  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.74 
 
 
686 aa  152  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  49.68 
 
 
669 aa  151  3e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.43 
 
 
1144 aa  151  4e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.851066  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  46.95 
 
 
714 aa  150  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.97 
 
 
568 aa  150  6e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  46.91 
 
 
539 aa  150  6e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
432 aa  150  7e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0813  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.34 
 
 
837 aa  150  9e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.461679  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2258  sensory box protein  30.88 
 
 
562 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.202787  normal  0.0243284 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.35 
 
 
583 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3129  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.13 
 
 
777 aa  149  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.765489  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.27 
 
 
352 aa  150  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.71 
 
 
962 aa  148  3e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  39.16 
 
 
464 aa  148  3e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
564 aa  148  3e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3468  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.39 
 
 
745 aa  148  4.0000000000000006e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0436703 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  45.4 
 
 
432 aa  147  4.0000000000000006e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4673  sensory box/GGDEF family protein  32.87 
 
 
567 aa  147  5e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  5.6834899999999996e-21 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0757  sensory box/GGDEF family protein  32.53 
 
 
567 aa  147  6e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0664  sensory box/GGDEF family protein  32.53 
 
 
567 aa  147  6e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0696  sensory box/GGDEF family protein  32.53 
 
 
568 aa  147  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.612215  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
316 aa  147  8.000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2771  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.92 
 
 
860 aa  146  8.000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
227 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1544  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.97 
 
 
764 aa  146  9e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.210593  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.04 
 
 
568 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.179735  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  47.53 
 
 
172 aa  146  1e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
499 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
578 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
489 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.78 
 
 
796 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  44.25 
 
 
506 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
499 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
484 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  44.25 
 
 
499 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.12 
 
 
306 aa  145  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  44.25 
 
 
489 aa  145  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.58 
 
 
1466 aa  145  3e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  47.59 
 
 
334 aa  144  4e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0876  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  34.3 
 
 
709 aa  144  4e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0730078  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  37.81 
 
 
637 aa  144  4e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0683  sensory box/GGDEF family protein  32.18 
 
 
567 aa  144  5e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00619208 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0539  sensory box, GGDEF family protein  32.18 
 
 
567 aa  144  5e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0539  sensory box, GGDEF family protein  32.18 
 
 
567 aa  144  5e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.04 
 
 
686 aa  144  6e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.84 
 
 
1027 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0312  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.54 
 
 
454 aa  143  9e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.38 
 
 
769 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.69 
 
 
636 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.36 
 
 
1038 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  35.91 
 
 
437 aa  143  9.999999999999999e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.19 
 
 
345 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  39.78 
 
 
312 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  43.68 
 
 
506 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.53 
 
 
306 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.91 
 
 
438 aa  142  9.999999999999999e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45 
 
 
646 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.68 
 
 
796 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>