More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2110 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.44 
 
 
800 aa  714    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.13 
 
 
796 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2312  CHASE domain/PAS domain protein  82 
 
 
507 aa  691    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693705  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  100 
 
 
796 aa  1620    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.51 
 
 
794 aa  761    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.17 
 
 
796 aa  724    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  51.38 
 
 
796 aa  729    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  91.3 
 
 
323 aa  613  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  34.55 
 
 
476 aa  223  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1707  diguanylate cyclase  33.09 
 
 
602 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1646  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
625 aa  213  2e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3629  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.32 
 
 
850 aa  205  3e-51  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.739626 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  23.41 
 
 
768 aa  198  3e-49  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2883  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.13 
 
 
849 aa  197  5.000000000000001e-49  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.483333  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.87 
 
 
464 aa  195  3e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.26 
 
 
463 aa  181  4.999999999999999e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.76 
 
 
1078 aa  176  1.9999999999999998e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.99 
 
 
851 aa  174  5.999999999999999e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.105029 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.66 
 
 
419 aa  168  4e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.08 
 
 
424 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2558  signal transduction protein  29.21 
 
 
1061 aa  165  4.0000000000000004e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139112  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.57 
 
 
646 aa  164  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.67 
 
 
994 aa  163  1e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  43.53 
 
 
775 aa  162  3e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.31 
 
 
951 aa  162  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  36.36 
 
 
1037 aa  160  6e-38  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.52 
 
 
505 aa  159  1e-37  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  31.99 
 
 
659 aa  156  1e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.36 
 
 
772 aa  155  4e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.02 
 
 
730 aa  155  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  27.58 
 
 
451 aa  154  5e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.76 
 
 
610 aa  154  5.9999999999999996e-36  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3250  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  24.05 
 
 
1036 aa  153  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  26.56 
 
 
1079 aa  152  3e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.35 
 
 
578 aa  152  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.42 
 
 
1047 aa  150  7e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.152528  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2088  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  25.42 
 
 
1047 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.603793  normal  0.591711 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.15 
 
 
843 aa  149  2.0000000000000003e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  35.06 
 
 
323 aa  148  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.95 
 
 
710 aa  147  5e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  33.85 
 
 
634 aa  147  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  26.46 
 
 
1301 aa  147  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0114339  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 
476 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  34.97 
 
 
323 aa  146  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  42.23 
 
 
611 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2783  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 
1101 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.63 
 
 
564 aa  145  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.48 
 
 
474 aa  144  5e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  43.2 
 
 
332 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
438 aa  144  9e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.07 
 
 
308 aa  143  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.43 
 
 
307 aa  143  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
559 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.71 
 
 
495 aa  142  3e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.48 
 
 
669 aa  141  3.9999999999999997e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  32.33 
 
 
437 aa  141  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
620 aa  140  6e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0392  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.33 
 
 
888 aa  140  6e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.301142  normal  0.0507788 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  41.92 
 
 
712 aa  140  7e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.6 
 
 
300 aa  140  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  35.66 
 
 
316 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.35 
 
 
373 aa  140  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  30 
 
 
427 aa  140  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.33 
 
 
499 aa  140  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.04 
 
 
531 aa  139  2e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  43.03 
 
 
696 aa  139  2e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  40.1 
 
 
398 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 
791 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
301 aa  139  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  40 
 
 
401 aa  139  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
578 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  28.74 
 
 
420 aa  139  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
578 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  40.33 
 
 
578 aa  139  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.53 
 
 
563 aa  138  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.19 
 
 
302 aa  138  5e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.77 
 
 
314 aa  137  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  34.27 
 
 
1826 aa  138  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
366 aa  137  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
227 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  44.89 
 
 
492 aa  137  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2343  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.45 
 
 
921 aa  135  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.762005  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  39.8 
 
 
578 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  36.47 
 
 
354 aa  136  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 
686 aa  136  1.9999999999999998e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4312  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.22 
 
 
640 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  36.29 
 
 
470 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.37 
 
 
919 aa  136  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
494 aa  135  3e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 
485 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3741  putative PAS/PAC sensor protein  31.75 
 
 
1268 aa  135  3e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
555 aa  135  3e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1075  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.3 
 
 
758 aa  135  3.9999999999999996e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.469487  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.43 
 
 
482 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  27.97 
 
 
1006 aa  135  3.9999999999999996e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4489  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.8 
 
 
1143 aa  134  5e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2111  diguanylate cyclase  45.51 
 
 
392 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  45.96 
 
 
559 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.66 
 
 
312 aa  134  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
555 aa  134  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>