More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3185 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 
482 aa  996    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.72 
 
 
1000 aa  176  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  34.35 
 
 
428 aa  167  4e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  40.7 
 
 
492 aa  156  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.73 
 
 
827 aa  155  2e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  31.82 
 
 
540 aa  154  4e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  30.2 
 
 
632 aa  152  1e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  42.61 
 
 
408 aa  150  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3610  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.19 
 
 
583 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  46.01 
 
 
413 aa  146  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.84 
 
 
646 aa  146  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.04 
 
 
769 aa  145  2e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.3 
 
 
512 aa  143  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0424  PAS:GGDEF  31.25 
 
 
715 aa  143  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000000207007  hitchhiker  0.00445241 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
324 aa  142  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.25 
 
 
531 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  33.11 
 
 
323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  34.47 
 
 
768 aa  141  3e-32  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  30.46 
 
 
437 aa  141  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  32.55 
 
 
659 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.62 
 
 
791 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
611 aa  140  4.999999999999999e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0265  diguanylate cyclase  44.19 
 
 
456 aa  140  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 
505 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  30.69 
 
 
418 aa  139  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.06 
 
 
1466 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
354 aa  139  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  33.68 
 
 
769 aa  139  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  40.88 
 
 
485 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 
308 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 
308 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  29.18 
 
 
498 aa  138  2e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.55 
 
 
302 aa  138  2e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  36.14 
 
 
427 aa  138  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
611 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  42.68 
 
 
431 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
345 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.5 
 
 
585 aa  137  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.2 
 
 
578 aa  137  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.38 
 
 
493 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
486 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.13 
 
 
312 aa  137  5e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
486 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
486 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  41.67 
 
 
486 aa  137  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  41.76 
 
 
564 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
313 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
313 aa  137  6.0000000000000005e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  28.82 
 
 
425 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.13 
 
 
326 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  28.25 
 
 
1076 aa  136  7.000000000000001e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  40.66 
 
 
492 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  37.64 
 
 
336 aa  136  9e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
307 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  42.86 
 
 
485 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1924  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
492 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.268801  normal  0.495061 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1901  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  35.14 
 
 
459 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.56 
 
 
411 aa  136  9.999999999999999e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6178  diguanylate cyclase  41.9 
 
 
492 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.837587  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.65 
 
 
550 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.49 
 
 
313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.81 
 
 
324 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.37 
 
 
407 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.88 
 
 
609 aa  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.54 
 
 
1212 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 
322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  28.35 
 
 
1037 aa  135  1.9999999999999998e-30  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.6 
 
 
464 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  36.62 
 
 
392 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1806  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.04 
 
 
574 aa  134  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.55767  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 
1338 aa  134  3e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  39.43 
 
 
796 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.22 
 
 
320 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.27 
 
 
312 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4730  diguanylate cyclase  42.44 
 
 
572 aa  134  3e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
485 aa  134  3e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5255  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.93 
 
 
707 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.864356  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.11 
 
 
419 aa  134  3.9999999999999996e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  31.56 
 
 
962 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.62 
 
 
1078 aa  134  3.9999999999999996e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  41.81 
 
 
451 aa  133  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  37.88 
 
 
493 aa  134  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.01 
 
 
1072 aa  134  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.86 
 
 
485 aa  134  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.41 
 
 
420 aa  133  6e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.42 
 
 
424 aa  133  6e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.41 
 
 
994 aa  133  6.999999999999999e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5014  response regulator/sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  32.76 
 
 
719 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 
457 aa  133  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  43.02 
 
 
574 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1021  diguanylate cyclase  41.81 
 
 
492 aa  133  6.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0128107  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1907  diguanylate cyclase  38.12 
 
 
487 aa  133  6.999999999999999e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.230991 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  41.36 
 
 
709 aa  133  7.999999999999999e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1025  diguanylate cyclase  42.05 
 
 
492 aa  133  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.67 
 
 
321 aa  132  9e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
710 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.08 
 
 
317 aa  132  1.0000000000000001e-29  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  29.84 
 
 
410 aa  132  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>