More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_7026 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 312 aa  641    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  97.12 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  87.18 
 
 		 312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  79.74 
 
 		 311 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  79.74 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.21 
 
 		 312 aa  499  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.47 
 
 		 326 aa  494  1e-139  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  74.68 
 
 		 313 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75 
 
 		 313 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75 
 
 		 313 aa  495  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.47 
 
 		 324 aa  496  1e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  73.08 
 
 		 312 aa  484  1e-136  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.67 
 
 		 334 aa  268  8.999999999999999e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 319 aa  265  8e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 324 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 324 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 324 aa  262  6.999999999999999e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.53 
 
 		 319 aa  256  3e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  41.14 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 328 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 318 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  37.87 
 
 		 321 aa  250  2e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 328 aa  250  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 320 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 328 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 320 aa  248  9e-65  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40.94 
 
 		 322 aa  246  3e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 316 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 324 aa  245  8e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 323 aa  245  8e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.47 
 
 		 316 aa  239  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.26 
 
 		 320 aa  233  3e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.97 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.06 
 
 		 332 aa  224  2e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  36.28 
 
 		 322 aa  222  6e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 280 aa  216  5e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 307 aa  210  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.97 
 
 		 315 aa  208  1e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 301 aa  205  1e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 320 aa  202  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  36.01 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.59 
 
 		 698 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.72 
 
 		 730 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 601 aa  145  6e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 531 aa  145  6e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  44.64 
 
 		 471 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  44.85 
 
 		 465 aa  144  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  44.85 
 
 		 538 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  44.05 
 
 		 471 aa  142  5e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  33.76 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 312 aa  142  5e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 401 aa  142  6e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 769 aa  142  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 405 aa  142  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 631 aa  142  8e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 391 aa  142  9e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 343 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  42.46 
 
 		 498 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 696 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.45 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.32 
 
 		 548 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  42.46 
 
 		 588 aa  139  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 391 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 641 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 578 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.1 
 
 		 642 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 686 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 610 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  31.89 
 
 		 428 aa  139  7.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 396 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 827 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  39.06 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 453 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 		 419 aa  138  1e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 486 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 172 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  48.59 
 
 		 502 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.36 
 
 		 563 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 794 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 382 aa  137  3.0000000000000003e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 492 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.78 
 
 		 901 aa  137  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>