More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_0284 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  79.95 
 
 		 435 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  100 
 
 		 391 aa  806    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  99.23 
 
 		 391 aa  800    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  71.95 
 
 		 389 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  71.95 
 
 		 389 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  71.95 
 
 		 389 aa  571  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  72.21 
 
 		 389 aa  574  1.0000000000000001e-162  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  47.41 
 
 		 401 aa  342  5e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3537  GGDEF family protein  45.41 
 
 		 393 aa  322  8e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0093  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 426 aa  285  9e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 326 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 312 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 324 aa  140  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 312 aa  137  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 485 aa  136  5e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.56 
 
 		 312 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.89 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 313 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.07 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 485 aa  133  5e-30  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  40.32 
 
 		 485 aa  133  6e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  38.42 
 
 		 485 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6762  diguanylate cyclase  26.23 
 
 		 411 aa  130  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.322015  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.96 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 495 aa  130  3e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.11 
 
 		 482 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 800 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  44.31 
 
 		 457 aa  130  5.0000000000000004e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2407  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 364 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 487 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  41.82 
 
 		 459 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 381 aa  129  8.000000000000001e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 796 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.79 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 353 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.29 
 
 		 796 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 486 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 661 aa  128  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 385 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  36.02 
 
 		 485 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.71 
 
 		 628 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1228  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 490 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.61 
 
 		 794 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 373 aa  127  3e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  44.23 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 491 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.23 
 
 		 305 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 298 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 464 aa  127  5e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2652  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 559 aa  127  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.261673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 357 aa  127  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 569 aa  126  6e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 686 aa  126  6e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 339 aa  126  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 278 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 397 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 615 aa  125  9e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1762  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.03 
 
 		 1032 aa  125  9e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0422  diguanylate cyclase  37.26 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 220 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 540 aa  124  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 769 aa  124  2e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0532  diguanylate cyclase  40 
 
 		 400 aa  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.457975  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 334 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 266 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 634 aa  124  3e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 492 aa  124  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 499 aa  124  3e-27  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1554  GGDEF domain-containing protein  37.1 
 
 		 389 aa  123  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.84144  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  30.56 
 
 		 307 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 517 aa  124  4e-27  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  41.86 
 
 		 592 aa  123  5e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 583 aa  123  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  35.11 
 
 		 527 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  44.64 
 
 		 628 aa  122  8e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2431  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 329 aa  122  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.966679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  40.37 
 
 		 457 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 311 aa  122  9e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2413  diguanylate cyclase  36.04 
 
 		 544 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  38.59 
 
 		 1006 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 629 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3282  diguanylate cyclase  35.64 
 
 		 523 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.151406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0689  diguanylate cyclase  34.58 
 
 		 413 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.427043  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 492 aa  122  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>