More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4141 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 312 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  87.18 
 
 		 312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  87.18 
 
 		 312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  80.46 
 
 		 311 aa  524  1e-148  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.21 
 
 		 312 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 311 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.21 
 
 		 313 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.21 
 
 		 313 aa  510  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75.56 
 
 		 313 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75.56 
 
 		 312 aa  503  1e-141  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.72 
 
 		 326 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.39 
 
 		 324 aa  501  1e-141  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 319 aa  273  3e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.59 
 
 		 334 aa  269  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 324 aa  263  3e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  42.62 
 
 		 322 aa  262  6e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  39.87 
 
 		 319 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  40.47 
 
 		 324 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  42.81 
 
 		 316 aa  251  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 		 321 aa  251  1e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 328 aa  249  4e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  40.47 
 
 		 328 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  40.13 
 
 		 328 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 320 aa  246  3e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 324 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.13 
 
 		 318 aa  242  5e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 323 aa  242  7e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 316 aa  241  9e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 323 aa  238  8e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.07 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.79 
 
 		 320 aa  228  9e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  38.92 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  36.59 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 307 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  37.82 
 
 		 280 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.54 
 
 		 320 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.49 
 
 		 315 aa  208  8e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 301 aa  182  8.000000000000001e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.41 
 
 		 698 aa  151  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 317 aa  151  2e-35  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 769 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 		 794 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 172 aa  146  4.0000000000000006e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.41 
 
 		 343 aa  144  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  34.73 
 
 		 328 aa  144  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  33 
 
 		 548 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 401 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.32 
 
 		 512 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 312 aa  143  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 487 aa  142  6e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  49.23 
 
 		 601 aa  142  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 308 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  49.23 
 
 		 471 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  41.49 
 
 		 686 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  49.23 
 
 		 465 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  49.23 
 
 		 538 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  47.24 
 
 		 498 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  32.11 
 
 		 428 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  49.23 
 
 		 471 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 278 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.03 
 
 		 796 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 486 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.18 
 
 		 419 aa  139  4.999999999999999e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  30.82 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  44.13 
 
 		 430 aa  139  7e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 631 aa  139  7e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  43.16 
 
 		 453 aa  139  7.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.54 
 
 		 563 aa  139  7.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 525 aa  139  8.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.32 
 
 		 730 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 764 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 486 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 354 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 483 aa  137  2e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 391 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 464 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 641 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.32 
 
 		 800 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.32 
 
 		 796 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 350 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.53 
 
 		 531 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 391 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>