More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_3711 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  100 
 
 		 320 aa  673    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  78.27 
 
 		 323 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  77.24 
 
 		 323 aa  524  1e-148  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  76.68 
 
 		 320 aa  520  1e-147  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  73.1 
 
 		 324 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  73.1 
 
 		 324 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  72.78 
 
 		 324 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  72.24 
 
 		 318 aa  502  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  72.78 
 
 		 324 aa  491  9.999999999999999e-139  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  72.15 
 
 		 328 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  72.15 
 
 		 328 aa  484  1e-136  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  72.15 
 
 		 328 aa  485  1e-136  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  71.84 
 
 		 324 aa  483  1e-135  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  71.84 
 
 		 328 aa  483  1e-135  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  70.22 
 
 		 319 aa  480  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  69.75 
 
 		 321 aa  468  1.0000000000000001e-131  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  55.13 
 
 		 322 aa  376  1e-103  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  55.13 
 
 		 332 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  50 
 
 		 319 aa  360  2e-98  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  48.26 
 
 		 322 aa  339  4e-92  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  48.72 
 
 		 316 aa  338  5.9999999999999996e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  48.53 
 
 		 316 aa  335  7.999999999999999e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  50.65 
 
 		 320 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  44.66 
 
 		 320 aa  314  9.999999999999999e-85  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  45.97 
 
 		 325 aa  294  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  47.12 
 
 		 280 aa  282  5.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.82 
 
 		 334 aa  260  2e-68  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 311 aa  249  5e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40.32 
 
 		 311 aa  249  6e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.67 
 
 		 312 aa  248  9e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  40 
 
 		 312 aa  247  2e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.53 
 
 		 326 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.78 
 
 		 312 aa  240  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 313 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 324 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.21 
 
 		 312 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.01 
 
 		 315 aa  209  4e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.71 
 
 		 301 aa  200  3e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 307 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  53.15 
 
 		 163 aa  183  4.0000000000000006e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  51.01 
 
 		 160 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  51.01 
 
 		 160 aa  172  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  31.33 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 371 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  52.71 
 
 		 145 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 487 aa  159  7e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 294 aa  154  1e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  39.73 
 
 		 525 aa  152  1e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.65 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  33.9 
 
 		 428 aa  151  2e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.67 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 464 aa  150  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 469 aa  150  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 483 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 339 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  46.38 
 
 		 148 aa  150  4e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  42.11 
 
 		 568 aa  149  5e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 371 aa  149  6e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 371 aa  149  6e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  40.35 
 
 		 366 aa  149  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 498 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  39.08 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.21 
 
 		 548 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 361 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  39.08 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  39.08 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  39.08 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  39.08 
 
 		 370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  46.56 
 
 		 145 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 636 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  40.57 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.16 
 
 		 730 aa  147  3e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  37.09 
 
 		 579 aa  147  3e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.98 
 
 		 512 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  33.55 
 
 		 327 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  39.77 
 
 		 371 aa  146  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  45.8 
 
 		 146 aa  146  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.31 
 
 		 172 aa  146  5e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  43.6 
 
 		 495 aa  146  6e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  35.45 
 
 		 367 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  40 
 
 		 569 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.07 
 
 		 586 aa  145  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.94 
 
 		 550 aa  145  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>