78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06227 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  100 
 
 
146 aa  309  6.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  97.24 
 
 
145 aa  302  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  86.3 
 
 
148 aa  277  3e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  67.86 
 
 
145 aa  229  8.000000000000001e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  50.72 
 
 
163 aa  165  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  47.86 
 
 
324 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  47.86 
 
 
324 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  47.86 
 
 
324 aa  154  5.0000000000000005e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  46.43 
 
 
324 aa  152  1e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  45.71 
 
 
318 aa  152  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  45.71 
 
 
324 aa  150  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  48.85 
 
 
323 aa  149  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  46.56 
 
 
319 aa  148  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  44.29 
 
 
328 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  44.29 
 
 
328 aa  147  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  44.29 
 
 
328 aa  147  5e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  44.88 
 
 
316 aa  147  7e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  44.29 
 
 
328 aa  146  7e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  45.8 
 
 
320 aa  146  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  43.88 
 
 
322 aa  145  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  44.29 
 
 
321 aa  145  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.8 
 
 
319 aa  145  2.0000000000000003e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.04 
 
 
320 aa  144  4.0000000000000006e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  45.04 
 
 
323 aa  142  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.74 
 
 
332 aa  140  4e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  45.65 
 
 
160 aa  138  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  43.48 
 
 
160 aa  133  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  48.72 
 
 
145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.69 
 
 
320 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.23 
 
 
316 aa  122  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  41.27 
 
 
325 aa  119  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  40 
 
 
320 aa  118  1.9999999999999998e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  37.01 
 
 
322 aa  114  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
324 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
326 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
313 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
313 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.21 
 
 
313 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
311 aa  107  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
312 aa  107  7.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  35.66 
 
 
311 aa  106  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
312 aa  106  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
312 aa  105  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  35.83 
 
 
601 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  35.83 
 
 
465 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  35.83 
 
 
538 aa  104  4e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  35.83 
 
 
471 aa  104  4e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  35.83 
 
 
471 aa  104  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 
312 aa  103  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  35.66 
 
 
312 aa  102  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  33.58 
 
 
502 aa  98.2  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.33 
 
 
334 aa  94.7  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 
280 aa  87.8  5e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  33.05 
 
 
307 aa  74.3  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.84 
 
 
315 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.47 
 
 
301 aa  70.9  0.000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  29.27 
 
 
301 aa  69.3  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  26.47 
 
 
429 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  29.51 
 
 
439 aa  64.7  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  27.07 
 
 
436 aa  54.7  0.0000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  25.86 
 
 
335 aa  45.4  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1656  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.43 
 
 
549 aa  45.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.367879  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
1390 aa  44.7  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0227  MCP methyltransferase  30.3 
 
 
631 aa  43.1  0.001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.993793  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1981  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.69 
 
 
651 aa  42.7  0.001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.82 
 
 
608 aa  43.5  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
327 aa  42.4  0.002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 
543 aa  42.4  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.624689  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.39 
 
 
319 aa  42  0.003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2282  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  22.46 
 
 
685 aa  41.6  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03078  sensor histidine kinase  37.1 
 
 
678 aa  40.4  0.007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.26 
 
 
727 aa  40  0.01  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0252521 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>