More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3577 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 322 aa  672    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  54.37 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  54.37 
 
 		 324 aa  389  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  54.37 
 
 		 324 aa  391  1e-107  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  54.06 
 
 		 320 aa  387  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  53.29 
 
 		 323 aa  377  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  53.63 
 
 		 319 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  55.13 
 
 		 320 aa  376  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  54.57 
 
 		 324 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  52.88 
 
 		 323 aa  374  1e-102  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  52.66 
 
 		 319 aa  372  1e-102  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  53 
 
 		 321 aa  370  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  53.12 
 
 		 324 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  52.05 
 
 		 318 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  53.31 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  53.31 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  53 
 
 		 328 aa  363  2e-99  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  53.31 
 
 		 328 aa  363  3e-99  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  54.05 
 
 		 332 aa  358  6e-98  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  52.13 
 
 		 316 aa  357  1.9999999999999998e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  48.39 
 
 		 316 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  46.71 
 
 		 322 aa  320  1.9999999999999998e-86  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  46.13 
 
 		 320 aa  312  5.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  46.42 
 
 		 325 aa  311  1e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  48.38 
 
 		 280 aa  285  7e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 320 aa  280  3e-74  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.62 
 
 		 312 aa  262  6e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  40.6 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  41.61 
 
 		 312 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.13 
 
 		 312 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 312 aa  246  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 311 aa  245  9e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.22 
 
 		 311 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 312 aa  236  4e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 313 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.93 
 
 		 326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.59 
 
 		 315 aa  212  7e-54  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 307 aa  205  9e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  56.43 
 
 		 163 aa  186  5e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  50.67 
 
 		 160 aa  175  8e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  50.67 
 
 		 160 aa  175  9e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.23 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  50.39 
 
 		 145 aa  160  3e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 569 aa  157  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 569 aa  154  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 		 550 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  29.86 
 
 		 301 aa  145  6e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  39.44 
 
 		 548 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  43.88 
 
 		 146 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  42.86 
 
 		 145 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 359 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 306 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.66 
 
 		 306 aa  142  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 1774 aa  141  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  43.97 
 
 		 145 aa  140  1.9999999999999998e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 350 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.02 
 
 		 1262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 		 371 aa  140  3e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 732 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  32.18 
 
 		 451 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  44.97 
 
 		 712 aa  139  6e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 345 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 294 aa  138  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 357 aa  138  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  44.17 
 
 		 525 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 499 aa  137  2e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 638 aa  136  5e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 638 aa  135  8e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.77 
 
 		 550 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  43.71 
 
 		 422 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 631 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 386 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  41.01 
 
 		 148 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 641 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 278 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.59 
 
 		 359 aa  133  3e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.55 
 
 		 769 aa  133  3e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.35 
 
 		 441 aa  134  3e-30  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 322 aa  134  3e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.02 
 
 		 792 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5124  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 1015 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247215  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 351 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  40 
 
 		 360 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 495 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.5 
 
 		 469 aa  132  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 1826 aa  133  5e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 369 aa  133  5e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>