More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0125 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 371 aa  754    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.65 
 
 		 353 aa  156  7e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.38 
 
 		 797 aa  154  2e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  34.51 
 
 		 609 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  34.51 
 
 		 709 aa  151  2e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  29.97 
 
 		 342 aa  150  4e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.2 
 
 		 704 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.55 
 
 		 713 aa  146  5e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 758 aa  145  7.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.84 
 
 		 586 aa  145  8.000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  35.83 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.2 
 
 		 841 aa  144  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 764 aa  143  4e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  143  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.91 
 
 		 792 aa  143  5e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 764 aa  143  5e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  29.69 
 
 		 792 aa  142  7e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  41 
 
 		 1644 aa  142  7e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  31.32 
 
 		 353 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.12 
 
 		 455 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  33.22 
 
 		 836 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 764 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 571 aa  141  1.9999999999999998e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 1774 aa  141  1.9999999999999998e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  38.5 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 459 aa  140  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 357 aa  140  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  43.68 
 
 		 457 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.33 
 
 		 732 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 354 aa  140  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 681 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 525 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 251 aa  140  4.999999999999999e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3448  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.33 
 
 		 608 aa  140  4.999999999999999e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838223  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03006  hypothetical protein  51.88 
 
 		 520 aa  139  6e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3038  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  139  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.372566  normal  0.319547 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  43.86 
 
 		 457 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 319 aa  139  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3308  response regulator PleD  44 
 
 		 457 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.268667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 371 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.56 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3541  response regulator PleD  42.53 
 
 		 457 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  42.94 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 324 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2239  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 387 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1501  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 360 aa  136  7.000000000000001e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.15986  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 490 aa  135  8e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 306 aa  135  9e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0512  response regulator PleD  44.12 
 
 		 456 aa  135  9e-31  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  39.09 
 
 		 347 aa  135  9e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  41.3 
 
 		 466 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.63 
 
 		 960 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  52.71 
 
 		 363 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 661 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 1826 aa  135  1.9999999999999998e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2442  response regulator PleD  42.86 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.696702  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.28 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 370 aa  134  3e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.47 
 
 		 710 aa  134  3e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 634 aa  134  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  42.11 
 
 		 324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  43.1 
 
 		 457 aa  133  3.9999999999999996e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 680 aa  133  3.9999999999999996e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.14 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.14 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 318 aa  133  6e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 580 aa  133  6e-30  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 316 aa  133  6e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  39.09 
 
 		 327 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.92 
 
 		 356 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 732 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  39.52 
 
 		 364 aa  132  7.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 323 aa  132  7.999999999999999e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 356 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 517 aa  132  7.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 554 aa  132  7.999999999999999e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 483 aa  132  9e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 320 aa  132  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 260 aa  132  9e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 648 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2332  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.94 
 
 		 324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.532356  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 414 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  45.33 
 
 		 566 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 350 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.48 
 
 		 321 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.78 
 
 		 732 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  34.35 
 
 		 555 aa  132  1.0000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 624 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.24 
 
 		 730 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 324 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 495 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 332 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  44.68 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  30.86 
 
 		 499 aa  131  2.0000000000000002e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>