More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2048 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  100 
 
 		 704 aa  1438    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  94.75 
 
 		 713 aa  1364    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  57.65 
 
 		 681 aa  762    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  44.59 
 
 		 688 aa  518  1.0000000000000001e-145  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.9 
 
 		 686 aa  509  1e-143  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.61 
 
 		 356 aa  209  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.22 
 
 		 362 aa  201  3.9999999999999996e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 374 aa  187  8e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.02 
 
 		 710 aa  182  2e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.53 
 
 		 353 aa  175  1.9999999999999998e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 758 aa  175  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.24 
 
 		 597 aa  174  3.9999999999999995e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  41.23 
 
 		 792 aa  174  5.999999999999999e-42  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 		 841 aa  174  6.999999999999999e-42  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  41.23 
 
 		 836 aa  172  2e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  34.11 
 
 		 510 aa  165  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 764 aa  165  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 764 aa  164  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 785 aa  164  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  33.86 
 
 		 353 aa  163  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  34.18 
 
 		 764 aa  163  1e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.17 
 
 		 756 aa  162  2e-38  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  33.12 
 
 		 342 aa  162  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 461 aa  162  2e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.55 
 
 		 550 aa  161  5e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.35 
 
 		 415 aa  160  6e-38  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  31.19 
 
 		 733 aa  158  3e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.68 
 
 		 499 aa  157  5.0000000000000005e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  30.25 
 
 		 356 aa  156  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  31.31 
 
 		 356 aa  156  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.05 
 
 		 947 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 753 aa  156  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1530  GGDEF/HD domain-containing protein  44.3 
 
 		 564 aa  155  2e-36  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.890216  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  39.53 
 
 		 563 aa  155  2.9999999999999998e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.24 
 
 		 558 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1811  GGDEF/HD domain-containing protein  44.3 
 
 		 563 aa  155  2.9999999999999998e-36  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.63619  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 462 aa  154  5.9999999999999996e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  46.34 
 
 		 565 aa  153  8e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 608 aa  153  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 462 aa  153  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  48.19 
 
 		 455 aa  151  4e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  41.9 
 
 		 433 aa  151  4e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 369 aa  150  6e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  30.2 
 
 		 371 aa  148  3e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  45.98 
 
 		 451 aa  146  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.87 
 
 		 1262 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  39.82 
 
 		 471 aa  146  1e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 439 aa  146  1e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.22 
 
 		 675 aa  146  1e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  41.33 
 
 		 347 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.87 
 
 		 355 aa  146  2e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1886  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 462 aa  145  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.22 
 
 		 339 aa  145  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.96 
 
 		 1125 aa  145  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.14 
 
 		 797 aa  145  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 459 aa  145  3e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  41.27 
 
 		 278 aa  144  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  38.63 
 
 		 458 aa  144  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0921  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 418 aa  144  5e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  47.46 
 
 		 343 aa  144  5e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 322 aa  144  6e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  35.27 
 
 		 1643 aa  144  6e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 307 aa  144  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.54 
 
 		 564 aa  144  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  38.46 
 
 		 1644 aa  143  9e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  47.16 
 
 		 464 aa  143  9e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  34.58 
 
 		 388 aa  143  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4051  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 360 aa  143  9.999999999999999e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.255257  normal  0.825864 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  37.61 
 
 		 525 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.51 
 
 		 730 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 291 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 314 aa  142  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  46.39 
 
 		 457 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0796  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.73 
 
 		 765 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.341606 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0894  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  30.45 
 
 		 482 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.156047 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.66 
 
 		 1094 aa  141  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.33 
 
 		 781 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  46.39 
 
 		 457 aa  141  4.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3018  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.23 
 
 		 475 aa  141  4.999999999999999e-32  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 322 aa  140  7e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  40.93 
 
 		 327 aa  140  7e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  33.24 
 
 		 371 aa  140  7.999999999999999e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1042  two component signal transduction response regulator  40.2 
 
 		 465 aa  140  7.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.472622  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 314 aa  140  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.17 
 
 		 609 aa  140  8.999999999999999e-32  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 351 aa  140  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1318  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 424 aa  140  8.999999999999999e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0842  GGDEF domain-containing protein  36.96 
 
 		 391 aa  140  1e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.000293697  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 310 aa  140  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  37.17 
 
 		 709 aa  140  1e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 308 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 419 aa  139  1e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 557 aa  140  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  49.43 
 
 		 502 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 308 aa  140  1e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.45 
 
 		 322 aa  140  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.29 
 
 		 772 aa  139  1e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  28.46 
 
 		 732 aa  139  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 		 668 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0043  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 580 aa  139  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>