More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_2258 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  100 
 
 
353 aa  725    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  73.59 
 
 
356 aa  511  1e-144  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  72.7 
 
 
356 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  66.96 
 
 
342 aa  481  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  59.83 
 
 
353 aa  437  1e-121  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.47 
 
 
355 aa  328  7e-89  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.21 
 
 
356 aa  211  2e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.05 
 
 
362 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  34.81 
 
 
733 aa  184  3e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  41.59 
 
 
439 aa  175  9.999999999999999e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  34.2 
 
 
785 aa  174  1.9999999999999998e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  42.71 
 
 
836 aa  174  2.9999999999999996e-42  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.65 
 
 
756 aa  172  7.999999999999999e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  42.08 
 
 
709 aa  171  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
494 aa  171  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  41.63 
 
 
609 aa  171  2e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.67 
 
 
841 aa  171  2e-41  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.34 
 
 
499 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  41.45 
 
 
792 aa  170  3e-41  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.02 
 
 
550 aa  169  5e-41  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  40.74 
 
 
494 aa  169  5e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  31.36 
 
 
374 aa  169  8e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  31.64 
 
 
1073 aa  169  9e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  36.72 
 
 
764 aa  166  5e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  36.72 
 
 
764 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  29.87 
 
 
510 aa  164  2.0000000000000002e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  35.89 
 
 
1079 aa  164  3e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  48.65 
 
 
414 aa  163  3e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  36.33 
 
 
764 aa  164  3e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.07 
 
 
732 aa  163  4.0000000000000004e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.86 
 
 
704 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  40.72 
 
 
563 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.68 
 
 
558 aa  162  9e-39  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  32.95 
 
 
565 aa  161  1e-38  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.74 
 
 
710 aa  161  1e-38  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2715  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 
314 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  37.05 
 
 
471 aa  161  2e-38  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.54 
 
 
713 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  33.43 
 
 
753 aa  161  2e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1977  membrane associated GGDEF protein  37.84 
 
 
583 aa  160  3e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3097  diguanylate cyclase  38.94 
 
 
458 aa  160  4e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.948135  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  37.45 
 
 
470 aa  159  7e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1525  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.44 
 
 
316 aa  158  1e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.15223e-23 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.25 
 
 
668 aa  157  3e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.65 
 
 
494 aa  157  3e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.91 
 
 
732 aa  157  3e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  32.17 
 
 
273 aa  157  4e-37  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.25 
 
 
668 aa  157  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1165  diguanylate cyclase  38.05 
 
 
459 aa  155  7e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000192138 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0701  diguanylate cyclase  40.21 
 
 
650 aa  155  7e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.291224  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  30.15 
 
 
1826 aa  155  9e-37  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  32.48 
 
 
681 aa  155  9e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.04 
 
 
597 aa  155  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  39.48 
 
 
369 aa  155  1e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  36.57 
 
 
555 aa  153  2.9999999999999998e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  32.2 
 
 
758 aa  153  4e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2650  diguanylate cyclase  39.09 
 
 
347 aa  153  5e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  35.59 
 
 
1099 aa  152  5.9999999999999996e-36  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6322  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.19 
 
 
682 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.314546  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2290  diguanylate cyclase  30.57 
 
 
646 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.666302 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.4 
 
 
415 aa  152  8e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.89 
 
 
564 aa  151  1e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  42.94 
 
 
459 aa  150  2e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.14 
 
 
792 aa  151  2e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.94 
 
 
742 aa  150  3e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  36.2 
 
 
615 aa  150  3e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.93 
 
 
1125 aa  150  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  28.82 
 
 
688 aa  149  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.59 
 
 
916 aa  149  7e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.54 
 
 
686 aa  149  7e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.83 
 
 
483 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0645  serine/threonine protein kinase  37.61 
 
 
1644 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0171562  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  38.07 
 
 
569 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.45 
 
 
563 aa  147  3e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.41 
 
 
548 aa  146  5e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  29.97 
 
 
473 aa  146  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3979  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.48 
 
 
567 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000058301  hitchhiker  0.000000371669 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  33.71 
 
 
499 aa  145  9e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.47 
 
 
797 aa  145  1e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
306 aa  145  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.81 
 
 
947 aa  145  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
680 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.44 
 
 
300 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.8 
 
 
748 aa  144  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  35.48 
 
 
343 aa  144  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.27 
 
 
306 aa  144  3e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  33.03 
 
 
663 aa  143  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.22 
 
 
586 aa  143  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 
485 aa  143  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.43 
 
 
469 aa  143  5e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2797  diguanylate cyclase  33.12 
 
 
494 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129294  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2890  diguanylate cyclase  33.12 
 
 
494 aa  143  6e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00707629  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3350  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  42.94 
 
 
565 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0125  GGDEF domain-containing protein  31.32 
 
 
371 aa  142  9.999999999999999e-33  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  42.41 
 
 
428 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1214  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.6 
 
 
496 aa  142  9.999999999999999e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.302028  hitchhiker  0.0000035245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.65 
 
 
896 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0402  diguanylate cyclase  27.11 
 
 
866 aa  142  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.362695  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  29.94 
 
 
1262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
718 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>