More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_0085 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 301 aa  631  1e-180  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  48.81 
 
 		 307 aa  308  8e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 301 aa  236  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.79 
 
 		 315 aa  217  2e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 326 aa  209  5e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 312 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.26 
 
 		 312 aa  207  2e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 324 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 312 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.53 
 
 		 311 aa  204  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 313 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.27 
 
 		 312 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 319 aa  198  7.999999999999999e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  37.12 
 
 		 318 aa  196  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 316 aa  196  6e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  37.09 
 
 		 319 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  34.11 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  35.39 
 
 		 320 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 323 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  35.88 
 
 		 323 aa  189  7e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  34.78 
 
 		 325 aa  186  3e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 324 aa  185  8e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  36.12 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  34.56 
 
 		 322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  35.88 
 
 		 321 aa  183  3e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  36.45 
 
 		 320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  36.15 
 
 		 324 aa  182  7e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.7 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 324 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  35.81 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 772 aa  171  1e-41  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.74 
 
 		 469 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  34.23 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.33 
 
 		 901 aa  166  4e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.49 
 
 		 610 aa  165  9e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 459 aa  162  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.05 
 
 		 548 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  42.41 
 
 		 525 aa  158  9e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  44.69 
 
 		 278 aa  158  1e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  36.14 
 
 		 425 aa  155  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  48.48 
 
 		 457 aa  155  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 492 aa  155  8e-37  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3550  diguanylate cyclase  40 
 
 		 559 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.953301  normal  0.354246 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.99 
 
 		 321 aa  154  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.73 
 
 		 505 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 237 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 611 aa  154  2e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 		 325 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  34.11 
 
 		 328 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 343 aa  153  4e-36  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42 
 
 		 424 aa  152  5e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  47.2 
 
 		 373 aa  152  5.9999999999999996e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  48.21 
 
 		 455 aa  151  1e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.53 
 
 		 531 aa  151  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.13 
 
 		 578 aa  151  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 578 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  50.97 
 
 		 483 aa  150  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 298 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.35 
 
 		 419 aa  149  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.75 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.02 
 
 		 890 aa  149  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.81 
 
 		 730 aa  149  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.75 
 
 		 890 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  43.96 
 
 		 578 aa  150  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  35.16 
 
 		 280 aa  149  6e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 464 aa  149  6e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 622 aa  149  7e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.61 
 
 		 624 aa  149  7e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 		 441 aa  148  9e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  38.19 
 
 		 659 aa  148  1.0000000000000001e-34  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 1078 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  47.67 
 
 		 316 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3373  diguanylate cyclase  48.08 
 
 		 505 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0803  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 346 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  40.68 
 
 		 620 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 294 aa  147  2.0000000000000003e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  50.32 
 
 		 487 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 641 aa  146  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.08 
 
 		 564 aa  146  5e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4245  GGDEF domain-containing protein  47.2 
 
 		 477 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 637 aa  145  6e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2254  sensory box protein  43.17 
 
 		 422 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.62 
 
 		 485 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>