More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0452 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  100 
 
 		 323 aa  679    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  82.66 
 
 		 323 aa  578  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  79.18 
 
 		 320 aa  543  1e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  77.24 
 
 		 320 aa  524  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  76.27 
 
 		 318 aa  525  1e-148  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  75.32 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  75 
 
 		 324 aa  518  1e-146  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  75.32 
 
 		 324 aa  520  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  72.96 
 
 		 319 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  75.95 
 
 		 324 aa  513  1e-144  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  73.46 
 
 		 324 aa  503  1e-141  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  72.76 
 
 		 328 aa  498  1e-140  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  73.73 
 
 		 328 aa  495  1e-139  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  74.05 
 
 		 328 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  74.05 
 
 		 328 aa  496  1e-139  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  70.9 
 
 		 321 aa  486  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  51.41 
 
 		 319 aa  378  1e-104  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  52.88 
 
 		 322 aa  374  1e-102  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  55.34 
 
 		 332 aa  367  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  49.68 
 
 		 316 aa  347  1e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  47.2 
 
 		 322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  44.73 
 
 		 316 aa  318  1e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  47.8 
 
 		 320 aa  315  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  43.56 
 
 		 320 aa  305  9.000000000000001e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  43.96 
 
 		 325 aa  282  4.0000000000000003e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  44.49 
 
 		 280 aa  277  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.3 
 
 		 334 aa  255  7e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  39.42 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  38.78 
 
 		 311 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 312 aa  245  9e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 312 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 326 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 312 aa  242  7e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.74 
 
 		 324 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.07 
 
 		 313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.87 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.07 
 
 		 312 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 312 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.43 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.89 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.88 
 
 		 301 aa  189  8e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  56.12 
 
 		 163 aa  188  1e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  52.35 
 
 		 160 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  32.06 
 
 		 301 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 487 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.57 
 
 		 525 aa  158  1e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  51.88 
 
 		 145 aa  158  1e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.42 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  32.1 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 		 730 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 498 aa  152  7e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  49.62 
 
 		 145 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 172 aa  150  4e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  48.85 
 
 		 146 aa  149  5e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  42.49 
 
 		 350 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 636 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 483 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 371 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.4 
 
 		 367 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 312 aa  147  4.0000000000000006e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 294 aa  145  6e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.4 
 
 		 469 aa  146  6e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  47.33 
 
 		 148 aa  145  7.0000000000000006e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 464 aa  145  8.000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 339 aa  145  9e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.41 
 
 		 564 aa  144  1e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 732 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 464 aa  144  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 338 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 422 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.26 
 
 		 353 aa  144  3e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.86 
 
 		 512 aa  143  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 354 aa  143  3e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.47 
 
 		 550 aa  143  4e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  40.24 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.55 
 
 		 317 aa  143  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  40.24 
 
 		 366 aa  143  5e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.85 
 
 		 612 aa  143  5e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  40.24 
 
 		 371 aa  143  5e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.78 
 
 		 797 aa  143  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 353 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  42.39 
 
 		 457 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 460 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 251 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1598  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2276  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 257 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40422  normal  0.360858 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.61 
 
 		 586 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>