More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1329 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  87.82 
 
 		 353 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  100 
 
 		 353 aa  726    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  55.2 
 
 		 371 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  49.56 
 
 		 353 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  48.29 
 
 		 371 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  48.29 
 
 		 371 aa  357  1.9999999999999998e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  48.29 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  48.29 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  48.29 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  48.29 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  48.29 
 
 		 371 aa  355  6.999999999999999e-97  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  48.29 
 
 		 371 aa  354  1e-96  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  47.71 
 
 		 366 aa  349  4e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  47.95 
 
 		 370 aa  347  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  47.66 
 
 		 370 aa  345  8.999999999999999e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  46.59 
 
 		 370 aa  344  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  47.37 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  46.59 
 
 		 370 aa  343  2e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  44.74 
 
 		 371 aa  324  2e-87  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 357 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 357 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 360 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  41.87 
 
 		 361 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  40.06 
 
 		 350 aa  268  1e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  41.07 
 
 		 358 aa  255  6e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 359 aa  253  3e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  40.42 
 
 		 357 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  39.88 
 
 		 358 aa  248  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 351 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  34.8 
 
 		 359 aa  189  7e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  32.42 
 
 		 386 aa  166  6.9999999999999995e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  33.14 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 324 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 324 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  42.53 
 
 		 322 aa  149  8e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 328 aa  144  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  41.95 
 
 		 324 aa  143  4e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 324 aa  143  5e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 328 aa  143  5e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 328 aa  142  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 316 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  40.23 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  40.91 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  40.68 
 
 		 280 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 320 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  39.55 
 
 		 320 aa  138  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 316 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.91 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  36.42 
 
 		 334 aa  129  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 345 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 620 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 764 aa  126  7e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  37.16 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 380 aa  124  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  33.49 
 
 		 459 aa  124  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 764 aa  123  4e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  34.31 
 
 		 350 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  39.74 
 
 		 764 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  39.43 
 
 		 689 aa  124  4e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  36.7 
 
 		 322 aa  123  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.57 
 
 		 1079 aa  123  6e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 366 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 377 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  38.01 
 
 		 325 aa  122  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 1037 aa  120  1.9999999999999998e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  34.48 
 
 		 548 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 460 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  33.18 
 
 		 722 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.57 
 
 		 531 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 294 aa  120  3.9999999999999996e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 574 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.38 
 
 		 791 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 369 aa  120  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00827  hypothetical protein  37.77 
 
 		 626 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  34.32 
 
 		 635 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  35.68 
 
 		 364 aa  119  6e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  35.93 
 
 		 523 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  38.15 
 
 		 688 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 466 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.05 
 
 		 353 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.89 
 
 		 578 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3786  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.86 
 
 		 564 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1171  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.71 
 
 		 916 aa  119  9.999999999999999e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 483 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 778 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1699  fused adenylate cyclase and hybrid sensor diguanylate cyclase and response regulator  39.16 
 
 		 316 aa  118  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.481687 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.77 
 
 		 975 aa  118  1.9999999999999998e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 291 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1996  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 855 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.473093  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  40 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3663  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>