More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5509 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  100 
 
 		 326 aa  666    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  98.69 
 
 		 324 aa  619  1e-176  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.57 
 
 		 313 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.57 
 
 		 313 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  93.89 
 
 		 313 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  92.6 
 
 		 312 aa  597  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  90.03 
 
 		 312 aa  580  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  80.13 
 
 		 311 aa  520  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  81.43 
 
 		 311 aa  514  1.0000000000000001e-145  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  77.12 
 
 		 312 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75.81 
 
 		 312 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.47 
 
 		 312 aa  497  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  43.05 
 
 		 319 aa  275  8e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38 
 
 		 321 aa  255  7e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 334 aa  254  1.0000000000000001e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 324 aa  251  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  38.74 
 
 		 319 aa  250  3e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 324 aa  249  3e-65  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 324 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  39.07 
 
 		 324 aa  247  2e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 328 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 328 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 328 aa  246  4e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.76 
 
 		 332 aa  245  8e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  39.56 
 
 		 320 aa  245  9e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.49 
 
 		 323 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.47 
 
 		 316 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.21 
 
 		 318 aa  242  6e-63  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 323 aa  241  2e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 324 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  37.54 
 
 		 320 aa  238  6.999999999999999e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 316 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  39.2 
 
 		 320 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  38.93 
 
 		 322 aa  234  2.0000000000000002e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 315 aa  225  6e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  38.21 
 
 		 322 aa  225  6e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  37.54 
 
 		 325 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.99 
 
 		 280 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.05 
 
 		 307 aa  216  4e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  36.09 
 
 		 320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.87 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 401 aa  153  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  48.61 
 
 		 601 aa  152  8e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  48.59 
 
 		 538 aa  149  7e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  51.13 
 
 		 471 aa  149  9e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0157  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.09 
 
 		 917 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  50.37 
 
 		 471 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  51.54 
 
 		 465 aa  145  6e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  50 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.58 
 
 		 438 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  42.61 
 
 		 588 aa  145  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.05 
 
 		 419 aa  145  1e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  45.88 
 
 		 343 aa  143  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.98 
 
 		 730 aa  142  9e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4425  GGDEF family protein  45.45 
 
 		 435 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 391 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.24 
 
 		 698 aa  140  3e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.69 
 
 		 794 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.79 
 
 		 563 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 317 aa  139  7.999999999999999e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 483 aa  139  7.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  45.96 
 
 		 502 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.11 
 
 		 769 aa  138  1e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  33.87 
 
 		 328 aa  138  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 354 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  41.24 
 
 		 631 aa  138  1e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 391 aa  138  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 525 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.55 
 
 		 622 aa  137  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0289  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  33.68 
 
 		 425 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.42 
 
 		 312 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.04 
 
 		 558 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.1 
 
 		 424 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0301  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  42.62 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.78 
 
 		 512 aa  137  4e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0296  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0897488  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.13 
 
 		 482 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 531 aa  136  5e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6679  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 457 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.3 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0297  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 389 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  42.27 
 
 		 411 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 495 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 453 aa  135  6.0000000000000005e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>