More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_B0009 on replicon NC_007952
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  100 
 
 		 312 aa  643    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  97.12 
 
 		 312 aa  626  1e-178  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  87.18 
 
 		 312 aa  572  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  79.1 
 
 		 311 aa  519  1e-146  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  76.21 
 
 		 312 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  79.1 
 
 		 311 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.12 
 
 		 324 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  77.12 
 
 		 326 aa  502  1e-141  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75 
 
 		 313 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  75 
 
 		 313 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  74.68 
 
 		 313 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  73.72 
 
 		 312 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.67 
 
 		 334 aa  266  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  41.19 
 
 		 319 aa  264  2e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 324 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 324 aa  262  6e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 324 aa  262  6e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.2 
 
 		 319 aa  258  1e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  41.47 
 
 		 324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  38.54 
 
 		 321 aa  252  6e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 328 aa  252  7e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 320 aa  251  8.000000000000001e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 328 aa  251  2e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  41.61 
 
 		 322 aa  250  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  42.14 
 
 		 328 aa  250  3e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 318 aa  249  4e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40 
 
 		 320 aa  247  2e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  39.8 
 
 		 324 aa  244  9.999999999999999e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 323 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  41.02 
 
 		 316 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  38.87 
 
 		 323 aa  242  5e-63  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 316 aa  240  2e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  38.26 
 
 		 320 aa  232  5e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.72 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  38.96 
 
 		 325 aa  221  9.999999999999999e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  35.33 
 
 		 322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  38.69 
 
 		 280 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.28 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.2 
 
 		 301 aa  209  5e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 307 aa  208  8e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  35.55 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  35.66 
 
 		 301 aa  181  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.82 
 
 		 698 aa  149  8e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 531 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.78 
 
 		 730 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 601 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 471 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 471 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  50.38 
 
 		 538 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  33.76 
 
 		 328 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  50.77 
 
 		 465 aa  143  3e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 322 aa  142  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 642 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  32.56 
 
 		 428 aa  142  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.11 
 
 		 578 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.53 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 631 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 769 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 696 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 312 aa  141  1.9999999999999998e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3737  diguanylate cyclase  37.07 
 
 		 391 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.319757  hitchhiker  0.00976865 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  46.82 
 
 		 382 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.13 
 
 		 319 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 523 aa  140  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 622 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.86 
 
 		 419 aa  140  3e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  32.32 
 
 		 548 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3330  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 401 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  41.9 
 
 		 498 aa  140  3.9999999999999997e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 487 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 453 aa  139  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 686 aa  139  7e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.81 
 
 		 563 aa  139  8.999999999999999e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0284  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 391 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.879349  unclonable  0.0000000000722624 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 641 aa  138  8.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 464 aa  138  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  41.9 
 
 		 588 aa  138  1e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  41.12 
 
 		 396 aa  138  2e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 342 aa  137  2e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 172 aa  137  2e-31  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  42.37 
 
 		 610 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  44.09 
 
 		 350 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 405 aa  137  2e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 451 aa  137  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0785  diguanylate cyclase with GAF sensor  47.4 
 
 		 367 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  45.2 
 
 		 382 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 680 aa  137  3.0000000000000003e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>