78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3726 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  100 
 
 		 145 aa  300  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  56.52 
 
 		 160 aa  176  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  55.07 
 
 		 160 aa  174  5e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  52.9 
 
 		 321 aa  174  5e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  53.57 
 
 		 318 aa  173  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  54.29 
 
 		 328 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  54.29 
 
 		 328 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  54.29 
 
 		 328 aa  172  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  52.52 
 
 		 324 aa  171  1.9999999999999998e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  53.24 
 
 		 324 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  54.29 
 
 		 328 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  53.24 
 
 		 324 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  53.24 
 
 		 324 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  53.24 
 
 		 324 aa  171  3.9999999999999995e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  49.65 
 
 		 319 aa  169  1e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  52.55 
 
 		 319 aa  167  4e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  50.71 
 
 		 320 aa  166  1e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  51.47 
 
 		 320 aa  165  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  52.14 
 
 		 323 aa  165  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  50.38 
 
 		 322 aa  163  6.9999999999999995e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  50.71 
 
 		 323 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  49.63 
 
 		 163 aa  157  3e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  51.49 
 
 		 320 aa  154  3e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.15 
 
 		 332 aa  153  9e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 316 aa  152  1e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  49.64 
 
 		 316 aa  149  1e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  45.83 
 
 		 145 aa  139  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  44.29 
 
 		 145 aa  137  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  44.14 
 
 		 146 aa  137  4.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  50.41 
 
 		 311 aa  135  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 311 aa  134  4e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  43.84 
 
 		 148 aa  132  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.59 
 
 		 324 aa  132  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.59 
 
 		 326 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.59 
 
 		 312 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  49.59 
 
 		 312 aa  132  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50.41 
 
 		 312 aa  131  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.78 
 
 		 313 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.78 
 
 		 313 aa  131  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.78 
 
 		 313 aa  130  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.97 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  48.78 
 
 		 312 aa  128  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  43.85 
 
 		 325 aa  128  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  39.71 
 
 		 322 aa  122  2e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  37.31 
 
 		 320 aa  120  5e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  39.34 
 
 		 334 aa  104  4e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2403  sensor histidine kinase  40 
 
 		 601 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1123  sensor histidine kinase  40 
 
 		 471 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0788  sensor histidine kinase  40 
 
 		 465 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.105833  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0677  sensor histidine kinase  40 
 
 		 538 aa  100  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.755053  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1588  sensor histidine kinase  43.14 
 
 		 502 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.153224  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1200  sensor histidine kinase  39.2 
 
 		 471 aa  98.6  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.36 
 
 		 280 aa  89.4  1e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0603  sensory box sensor histidine kinase  33.63 
 
 		 439 aa  88.2  3e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2545  sensor histidine kinase  36.59 
 
 		 429 aa  87.8  4e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 		 315 aa  80.1  0.000000000000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 301 aa  72  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.03 
 
 		 301 aa  68.2  0.00000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01455  sensor histidine kinase  33.82 
 
 		 436 aa  67  0.00000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1982  diguanylate cyclase  29.75 
 
 		 335 aa  63.2  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  31.82 
 
 		 307 aa  56.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  23.2 
 
 		 427 aa  52.8  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0331  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 		 608 aa  45.4  0.0003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3526  Hpt sensor hybrid histidine kinase  28.7 
 
 		 920 aa  44.7  0.0005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161337  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2249  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.82 
 
 		 543 aa  43.9  0.0007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.624689  normal  0.503479 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2941  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.14 
 
 		 696 aa  43.9  0.0008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.843677  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0168  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.83 
 
 		 352 aa  43.1  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2110  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36 
 
 		 789 aa  43.1  0.001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.377648  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0336  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.28 
 
 		 319 aa  42.4  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.208046  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2282  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.29 
 
 		 685 aa  42.7  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1812  signal transduction histidine kinase  29.03 
 
 		 1390 aa  41.6  0.003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.155927 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2693  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.49 
 
 		 727 aa  40.4  0.008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0252521 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>