More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_3459 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  99.69 
 
 
324 aa  680    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  100 
 
 
324 aa  682    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  99.69 
 
 
324 aa  680    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  93.81 
 
 
324 aa  625  1e-178  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  92.52 
 
 
324 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  89.75 
 
 
328 aa  596  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  89.72 
 
 
328 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  89.72 
 
 
328 aa  592  1e-168  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  89.41 
 
 
328 aa  590  1e-167  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  78.55 
 
 
318 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  75 
 
 
323 aa  518  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  72.67 
 
 
323 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  72.56 
 
 
320 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  75.16 
 
 
321 aa  511  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  72.64 
 
 
319 aa  510  1e-143  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  72.78 
 
 
320 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  54.37 
 
 
322 aa  391  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  52.04 
 
 
319 aa  375  1e-103  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  52.9 
 
 
332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0615  diguanylate cyclase  50.31 
 
 
320 aa  338  9e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000794548 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  47.95 
 
 
322 aa  337  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  47.15 
 
 
316 aa  335  5e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  46.33 
 
 
316 aa  330  2e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  43.18 
 
 
320 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  45.64 
 
 
325 aa  300  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  44.4 
 
 
280 aa  273  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 
311 aa  267  2e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  43.34 
 
 
334 aa  266  4e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1413  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.195928  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2105  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3165  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1493  GGDEF domain-containing protein  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00779791  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2399  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.291213  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1133  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.047255  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3279  diguanylate cyclase  42.07 
 
 
311 aa  265  8.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0418707  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.14 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0009  diguanylate cyclase  42.47 
 
 
312 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214527  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.8 
 
 
312 aa  263  3e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.74 
 
 
326 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.07 
 
 
324 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.73 
 
 
312 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 
313 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.29 
 
 
313 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.4 
 
 
312 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.29 
 
 
315 aa  218  1e-55  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03099  sensory box/GGDEF protein  54.42 
 
 
163 aa  191  2e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.727422  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  36.57 
 
 
307 aa  189  8e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 
301 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0887  sensory box protein  53.69 
 
 
160 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.141659  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1040  sensory box protein  53.69 
 
 
160 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.951062  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3726  putative PAS/PAC sensor protein  53.79 
 
 
145 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1752  diguanylate cyclase  32.04 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000321576  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000473  hypothetical protein  48.57 
 
 
145 aa  155  9e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06227  hypothetical protein  47.86 
 
 
146 aa  154  2e-36  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.56 
 
 
499 aa  153  2.9999999999999998e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  42.11 
 
 
353 aa  152  7e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1086  hypothetical protein  47.41 
 
 
148 aa  151  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.394115  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  46.39 
 
 
758 aa  152  1e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  35.19 
 
 
487 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.68 
 
 
550 aa  150  3e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  41.42 
 
 
294 aa  149  5e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  43.45 
 
 
172 aa  149  7e-35  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  37.71 
 
 
371 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
764 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
764 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  40.35 
 
 
353 aa  147  3e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  45.18 
 
 
764 aa  147  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  40.83 
 
 
353 aa  146  4.0000000000000006e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.38 
 
 
308 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.24 
 
 
350 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
354 aa  145  9e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 
309 aa  144  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.54 
 
 
312 aa  144  2e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  35.35 
 
 
569 aa  143  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  43.6 
 
 
636 aa  143  3e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  45.3 
 
 
308 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.71 
 
 
730 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0602  hypothetical protein  43.57 
 
 
145 aa  143  4e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.62 
 
 
341 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  44.2 
 
 
659 aa  142  6e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.55 
 
 
564 aa  142  6e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.21 
 
 
1774 aa  142  7e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.77 
 
 
314 aa  142  7e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  34.7 
 
 
338 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.95 
 
 
586 aa  142  7e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1887  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
327 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.876301  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.15 
 
 
345 aa  142  9e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  37.73 
 
 
498 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.5 
 
 
425 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.75 
 
 
469 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  43.72 
 
 
396 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 
407 aa  140  3.9999999999999997e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  37.75 
 
 
634 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  30.77 
 
 
428 aa  139  4.999999999999999e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.51 
 
 
512 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  40.22 
 
 
631 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.41 
 
 
492 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.79 
 
 
444 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>