More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_0645 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  100 
 
 
659 aa  1333    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.02 
 
 
791 aa  245  1.9999999999999999e-63  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.26 
 
 
1078 aa  205  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30.17 
 
 
1212 aa  204  3e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  36.33 
 
 
1000 aa  204  3e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.77 
 
 
302 aa  203  7e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  31.23 
 
 
420 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.35 
 
 
958 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.27 
 
 
669 aa  191  4e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.77 
 
 
424 aa  191  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2518  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.58 
 
 
751 aa  190  5.999999999999999e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00063624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.37 
 
 
1275 aa  187  4e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.05 
 
 
820 aa  187  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.29973  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  43.08 
 
 
611 aa  183  7e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.09 
 
 
419 aa  182  1e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
610 aa  182  1e-44  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0392  diguanylate cyclase  35.37 
 
 
768 aa  182  1e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000907702  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0528  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 
707 aa  182  2e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.34 
 
 
769 aa  181  2.9999999999999997e-44  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  49.4 
 
 
227 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.91 
 
 
237 aa  181  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  47.87 
 
 
487 aa  181  4e-44  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1542  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.51 
 
 
1006 aa  179  1e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101137 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  32.37 
 
 
425 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.57 
 
 
505 aa  176  9e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 
800 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.42 
 
 
772 aa  175  1.9999999999999998e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.88 
 
 
796 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0767  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.15 
 
 
1278 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.74653 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  27.76 
 
 
1036 aa  176  1.9999999999999998e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  35.13 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 
796 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0220  diguanylate cyclase  44.04 
 
 
539 aa  175  2.9999999999999996e-42  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.454807  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.87 
 
 
794 aa  173  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.5 
 
 
901 aa  173  7.999999999999999e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 
796 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1399  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.29 
 
 
476 aa  172  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
738 aa  171  6e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
448 aa  170  7e-41  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  34.64 
 
 
437 aa  168  2e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.03 
 
 
686 aa  168  2.9999999999999998e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.41 
 
 
1466 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0418  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.49 
 
 
572 aa  167  6.9999999999999995e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3337  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.51 
 
 
1020 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.72 
 
 
827 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 
531 aa  165  2.0000000000000002e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  35.37 
 
 
428 aa  164  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.97 
 
 
1070 aa  164  7e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.467753 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  45.66 
 
 
432 aa  163  8.000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2092  response regulator receiver protein  32.81 
 
 
459 aa  162  2e-38  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000936351  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  34.19 
 
 
634 aa  162  2e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  49.11 
 
 
439 aa  162  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  47.47 
 
 
492 aa  162  2e-38  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
432 aa  161  3e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3523  diguanylate cyclase  43.71 
 
 
452 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.101344 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  36.74 
 
 
637 aa  160  6e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.74 
 
 
962 aa  160  7e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1500  sensory box protein  28.42 
 
 
998 aa  160  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  45.18 
 
 
340 aa  159  1e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  45.24 
 
 
456 aa  159  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  42.25 
 
 
332 aa  159  2e-37  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.93 
 
 
646 aa  159  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.31 
 
 
1009 aa  159  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.1 
 
 
1009 aa  158  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  31.99 
 
 
796 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  41.18 
 
 
366 aa  156  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2753  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.89 
 
 
1009 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4360  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 
338 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.13 
 
 
1486 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.78 
 
 
766 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  43.71 
 
 
474 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1253  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  27.89 
 
 
1018 aa  155  2.9999999999999998e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1953  diguanylate cyclase  44.77 
 
 
454 aa  154  4e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.363504  normal  0.99023 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.72 
 
 
578 aa  154  5e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2778  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.09 
 
 
1010 aa  154  5e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  43.86 
 
 
323 aa  154  5e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.52 
 
 
612 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 
308 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.02 
 
 
308 aa  154  7e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0193  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  27.88 
 
 
924 aa  153  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0289682  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.71 
 
 
550 aa  153  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  42.94 
 
 
689 aa  152  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4111  sensory box/GGDEF family protein, putative  42.08 
 
 
430 aa  152  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3954  sensory box/GGDEF family protein  42.08 
 
 
431 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3785  sensory box/GGDEF family protein  42.08 
 
 
431 aa  152  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3800  sensory box/GGDEF family protein  42.31 
 
 
431 aa  152  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0221299  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4064  putative sensory box/GGDEF family protein  42.08 
 
 
431 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.11 
 
 
898 aa  152  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4175  putative sensory box/GGDEF family protein  42.08 
 
 
430 aa  152  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00125122  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  46.01 
 
 
532 aa  152  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4263  sensory box/GGDEF family protein  42.08 
 
 
430 aa  152  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3006  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  30 
 
 
1064 aa  152  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  44.81 
 
 
372 aa  152  2e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.65 
 
 
438 aa  151  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2637  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.05 
 
 
678 aa  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.5465  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  43.6 
 
 
455 aa  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  26.33 
 
 
1105 aa  152  3e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  28.18 
 
 
1494 aa  151  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.33 
 
 
1105 aa  151  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  26.33 
 
 
1105 aa  151  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>