More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_0453 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  57.36 
 
 		 624 aa  699    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  55.83 
 
 		 625 aa  706    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  55.03 
 
 		 628 aa  667    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  56.27 
 
 		 624 aa  681    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  56.85 
 
 		 610 aa  672    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  53.29 
 
 		 631 aa  662    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  55.95 
 
 		 625 aa  682    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  55.2 
 
 		 628 aa  671    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 641 aa  1303    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  55.37 
 
 		 621 aa  671    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  54.87 
 
 		 628 aa  665    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  55.66 
 
 		 625 aa  687    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  55.66 
 
 		 625 aa  687    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  64 
 
 		 641 aa  767    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  54.22 
 
 		 622 aa  627  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.69 
 
 		 621 aa  604  1.0000000000000001e-171  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 630 aa  325  1e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  32.24 
 
 		 631 aa  318  2e-85  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  34.74 
 
 		 628 aa  314  3.9999999999999997e-84  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  31.12 
 
 		 636 aa  295  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  33.46 
 
 		 588 aa  277  5e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 638 aa  270  8e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 565 aa  266  1e-69  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.85 
 
 		 629 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.3 
 
 		 611 aa  219  2e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  29.08 
 
 		 614 aa  207  4e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.53 
 
 		 612 aa  206  1e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.92 
 
 		 566 aa  187  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.08 
 
 		 578 aa  185  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  28.94 
 
 		 601 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.74 
 
 		 570 aa  180  9e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  45.13 
 
 		 268 aa  179  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  46.6 
 
 		 591 aa  174  5.999999999999999e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 313 aa  162  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.41 
 
 		 352 aa  162  2e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 341 aa  160  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 353 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.81 
 
 		 853 aa  159  2e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 410 aa  159  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.72 
 
 		 1637 aa  156  1e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.71 
 
 		 542 aa  155  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 452 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 452 aa  154  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 452 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  24.17 
 
 		 623 aa  154  5e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.22 
 
 		 518 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 337 aa  153  7e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  42.02 
 
 		 328 aa  153  8e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 452 aa  153  8e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 462 aa  152  1e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  41.35 
 
 		 1643 aa  152  2e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 462 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  36.36 
 
 		 1054 aa  152  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  37.63 
 
 		 536 aa  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 452 aa  151  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 452 aa  152  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 627 aa  151  4e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 340 aa  151  4e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  40.89 
 
 		 339 aa  151  4e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  38.89 
 
 		 502 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0709  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.01 
 
 		 322 aa  150  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 469 aa  150  6e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 620 aa  150  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.48 
 
 		 612 aa  150  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 533 aa  149  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 660 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 732 aa  149  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 327 aa  148  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 732 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 308 aa  148  4.0000000000000006e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 553 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 481 aa  147  5e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 547 aa  147  6e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 472 aa  147  6e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0085  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41 
 
 		 301 aa  147  7.0000000000000006e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  29.36 
 
 		 634 aa  147  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 481 aa  147  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.25 
 
 		 636 aa  147  8.000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 359 aa  146  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  42.29 
 
 		 1262 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  41.58 
 
 		 335 aa  146  1e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  37.81 
 
 		 453 aa  146  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  40.68 
 
 		 509 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1645  hypothetical protein  43.71 
 
 		 344 aa  145  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.176846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  40.93 
 
 		 367 aa  145  2e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 516 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0748  diguanylate cyclase  45.09 
 
 		 375 aa  145  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.39 
 
 		 347 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  24.24 
 
 		 557 aa  145  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 496 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3787  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.02 
 
 		 344 aa  145  3e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.919533  normal  0.90313 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  24.09 
 
 		 603 aa  144  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 460 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 479 aa  144  4e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  29.66 
 
 		 641 aa  144  4e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  41.28 
 
 		 496 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 319 aa  144  5e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.85 
 
 		 327 aa  144  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 466 aa  144  6e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>