More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_4218 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  100 
 
 		 631 aa  1296    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  38 
 
 		 628 aa  436  1e-121  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 631 aa  364  3e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 610 aa  342  9e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  34.08 
 
 		 641 aa  333  6e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 628 aa  332  1e-89  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 624 aa  331  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  33.16 
 
 		 625 aa  327  3e-88  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 624 aa  327  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 628 aa  327  5e-88  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  33.62 
 
 		 621 aa  326  6e-88  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 621 aa  325  1e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  32.89 
 
 		 625 aa  324  2e-87  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 628 aa  323  6e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  34.3 
 
 		 625 aa  321  3e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  34.12 
 
 		 625 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 622 aa  317  4e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.67 
 
 		 630 aa  316  7e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 636 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  32.16 
 
 		 641 aa  300  5e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  34.4 
 
 		 565 aa  300  6e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  29.06 
 
 		 588 aa  275  2.0000000000000002e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.42 
 
 		 638 aa  259  8e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  28.74 
 
 		 614 aa  236  1.0000000000000001e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.05 
 
 		 629 aa  228  2e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 611 aa  228  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  32.27 
 
 		 612 aa  214  2.9999999999999995e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 623 aa  194  6e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  47.85 
 
 		 268 aa  189  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  25.16 
 
 		 627 aa  185  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 601 aa  180  8e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  26.58 
 
 		 673 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  27.1 
 
 		 629 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 464 aa  155  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 340 aa  155  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 466 aa  154  5e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 		 782 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 462 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 578 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 341 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.3 
 
 		 339 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  28.49 
 
 		 795 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 410 aa  147  7.0000000000000006e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.2 
 
 		 328 aa  145  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  30.82 
 
 		 677 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 547 aa  145  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 518 aa  145  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  27.54 
 
 		 634 aa  145  3e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.09 
 
 		 352 aa  144  4e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  44.02 
 
 		 536 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  27.68 
 
 		 715 aa  144  4e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 422 aa  144  6e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 453 aa  143  8e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  42.23 
 
 		 620 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 359 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 591 aa  142  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 534 aa  142  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 		 663 aa  141  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  24.6 
 
 		 708 aa  142  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  43.01 
 
 		 555 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2435  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 726 aa  141  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.718837  normal  0.768568 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 662 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 680 aa  140  8.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  42.44 
 
 		 550 aa  140  8.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 1034 aa  140  1e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2597  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 506 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.938839 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 313 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 327 aa  140  1e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 469 aa  140  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.75 
 
 		 1262 aa  139  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.03 
 
 		 662 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  41.14 
 
 		 502 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.78 
 
 		 334 aa  139  2e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  27.16 
 
 		 802 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.88 
 
 		 612 aa  139  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 662 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.86 
 
 		 853 aa  138  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 452 aa  138  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  26.69 
 
 		 596 aa  138  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.2 
 
 		 553 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 319 aa  138  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 416 aa  138  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 337 aa  137  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  40.68 
 
 		 509 aa  137  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 310 aa  137  5e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.53 
 
 		 499 aa  137  5e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  39.29 
 
 		 1637 aa  137  6.0000000000000005e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 340 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.03 
 
 		 344 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 340 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  23.89 
 
 		 642 aa  137  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 322 aa  137  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  40.64 
 
 		 386 aa  137  9e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  38.12 
 
 		 1054 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  41.36 
 
 		 528 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0162  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 614 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.155295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 340 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  39.65 
 
 		 641 aa  136  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>