More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0845 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  100 
 
 		 578 aa  1184    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  42.3 
 
 		 570 aa  424  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  40.52 
 
 		 557 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  32.6 
 
 		 566 aa  308  3e-82  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  31.35 
 
 		 612 aa  266  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  27.22 
 
 		 630 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.57 
 
 		 565 aa  192  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  29.08 
 
 		 603 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  26.43 
 
 		 614 aa  189  9e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  26.39 
 
 		 638 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.03 
 
 		 564 aa  185  2.0000000000000003e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  25.54 
 
 		 636 aa  177  6e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  28.24 
 
 		 588 aa  176  9e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  27.51 
 
 		 601 aa  168  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  25.72 
 
 		 641 aa  167  5e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  25.53 
 
 		 631 aa  164  3e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.54 
 
 		 629 aa  160  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  25.67 
 
 		 641 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 506 aa  157  7e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  24.78 
 
 		 624 aa  157  7e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  25.62 
 
 		 621 aa  156  9e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 577 aa  156  1e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  26.47 
 
 		 611 aa  154  4e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  26.45 
 
 		 610 aa  153  8.999999999999999e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  26.98 
 
 		 631 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  27.71 
 
 		 561 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  28.82 
 
 		 795 aa  148  3e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  31.17 
 
 		 581 aa  146  9e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 622 aa  145  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 		 802 aa  145  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.48 
 
 		 322 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 		 662 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  25.96 
 
 		 625 aa  145  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  24.68 
 
 		 624 aa  144  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 625 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  26.09 
 
 		 625 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  43.75 
 
 		 370 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 477 aa  141  3.9999999999999997e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  24 
 
 		 625 aa  140  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 577 aa  139  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  39.63 
 
 		 462 aa  138  3.0000000000000003e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  36.4 
 
 		 564 aa  138  3.0000000000000003e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  29.02 
 
 		 571 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  40.41 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.42 
 
 		 769 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1769  diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 464 aa  137  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.128605  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 493 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  25.95 
 
 		 569 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.94 
 
 		 308 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 571 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1153  diguanylate cyclase  25.19 
 
 		 596 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.442479  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  23.87 
 
 		 628 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.39 
 
 		 662 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  41.18 
 
 		 400 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2518  diguanylate cyclase  38.61 
 
 		 372 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.165269  normal  0.0137006 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  27.69 
 
 		 782 aa  134  5e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  43.95 
 
 		 237 aa  134  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  25.63 
 
 		 569 aa  134  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.67 
 
 		 314 aa  134  6e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  27.67 
 
 		 582 aa  134  6e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 306 aa  134  6e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  40.57 
 
 		 422 aa  134  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.77 
 
 		 663 aa  133  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  25.05 
 
 		 596 aa  133  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  35.57 
 
 		 411 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 1037 aa  132  1.0000000000000001e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  24.07 
 
 		 628 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.08 
 
 		 306 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  40.88 
 
 		 266 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  24.11 
 
 		 628 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 381 aa  132  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 405 aa  132  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  24.07 
 
 		 621 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 357 aa  131  3e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1325  sensory box protein  35.56 
 
 		 428 aa  131  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2801  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 628 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.615763  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 386 aa  131  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.04 
 
 		 662 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  40 
 
 		 411 aa  131  4.0000000000000003e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  32.67 
 
 		 339 aa  131  4.0000000000000003e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 499 aa  130  6e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2084  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 417 aa  130  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000571313 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  26.31 
 
 		 634 aa  130  6e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 385 aa  130  6e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 345 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.04 
 
 		 495 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 580 aa  130  8.000000000000001e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  39.15 
 
 		 411 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1598  diguanylate cyclase  36.06 
 
 		 492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0273825  normal  0.888834 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 360 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  35.92 
 
 		 469 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 555 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 357 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 408 aa  129  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 536 aa  129  2.0000000000000002e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1748  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 417 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3230  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 642 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.7142  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 485 aa  129  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>