More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2693 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  100 
 
 		 570 aa  1132    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  42.3 
 
 		 578 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 557 aa  361  2e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  33.9 
 
 		 612 aa  300  4e-80  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 566 aa  284  4.0000000000000003e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  32.2 
 
 		 564 aa  217  5e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 630 aa  206  6e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 636 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  29.27 
 
 		 565 aa  198  2.0000000000000003e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  26.27 
 
 		 588 aa  194  4e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.65 
 
 		 603 aa  189  8e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  27.82 
 
 		 610 aa  189  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  28.45 
 
 		 614 aa  188  3e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  29.38 
 
 		 638 aa  187  5e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  25.73 
 
 		 641 aa  183  9.000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  26.19 
 
 		 641 aa  182  2e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  26.77 
 
 		 631 aa  177  5e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  26.01 
 
 		 624 aa  176  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  25.36 
 
 		 611 aa  171  2e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  25.72 
 
 		 621 aa  169  1e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  25.77 
 
 		 631 aa  169  2e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  25.52 
 
 		 622 aa  167  5e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.82 
 
 		 601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  25.79 
 
 		 625 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.57 
 
 		 628 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 628 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  25.51 
 
 		 624 aa  163  8.000000000000001e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  26.16 
 
 		 625 aa  162  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  26.2 
 
 		 628 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  26.38 
 
 		 621 aa  161  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 561 aa  161  4e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.37 
 
 		 629 aa  157  4e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 625 aa  156  8e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  26.62 
 
 		 625 aa  155  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  49.72 
 
 		 388 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 627 aa  154  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  25.13 
 
 		 628 aa  150  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  41.67 
 
 		 949 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  41.52 
 
 		 357 aa  148  3e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  27.7 
 
 		 577 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  27.7 
 
 		 571 aa  146  8.000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  46.2 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1485  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 490 aa  146  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  26.3 
 
 		 618 aa  145  2e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.58 
 
 		 425 aa  144  3e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.44 
 
 		 505 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  42.51 
 
 		 422 aa  144  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  29.68 
 
 		 577 aa  144  4e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 586 aa  144  5e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.66 
 
 		 550 aa  143  7e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 357 aa  143  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  45.92 
 
 		 377 aa  143  8e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.14 
 
 		 506 aa  143  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  41.81 
 
 		 548 aa  142  1.9999999999999998e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  29.65 
 
 		 782 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 322 aa  142  1.9999999999999998e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2979  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 490 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 307 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.08 
 
 		 309 aa  141  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  48.26 
 
 		 355 aa  141  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  28.85 
 
 		 634 aa  141  3.9999999999999997e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 516 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01318  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  42.22 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.536328  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 512 aa  140  4.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01328  hypothetical protein  42.22 
 
 		 410 aa  140  4.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.465042  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  48.21 
 
 		 492 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.47 
 
 		 464 aa  140  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  45.45 
 
 		 485 aa  140  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 477 aa  140  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 785 aa  140  8.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 764 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 632 aa  139  1e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  47.56 
 
 		 732 aa  139  1e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 764 aa  139  1e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 360 aa  139  1e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  29.9 
 
 		 581 aa  139  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  28.72 
 
 		 571 aa  139  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 312 aa  139  1e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2303  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.29 
 
 		 410 aa  139  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.136359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1586  sensory box-containing diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1555  sensory box-containing diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1458  sensory box-containing diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 430 aa  139  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  33.2 
 
 		 413 aa  139  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  45.16 
 
 		 381 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1781  sensory box-containing diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 430 aa  138  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.900668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 659 aa  139  2e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1989  sensory box-containing diguanylate cyclase  45.29 
 
 		 430 aa  138  2e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.641954 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 764 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  36.43 
 
 		 373 aa  138  3.0000000000000003e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 485 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  43.55 
 
 		 354 aa  137  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  43.48 
 
 		 493 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  45.16 
 
 		 381 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0533  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 480 aa  137  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  45.24 
 
 		 354 aa  137  5e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2284  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.71 
 
 		 410 aa  137  5e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.629539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4124  diguanylate cyclase  42.42 
 
 		 485 aa  137  5e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  46.51 
 
 		 301 aa  137  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1702  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 370 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>