More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_4207 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 625 aa  1287    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  79.11 
 
 		 628 aa  985    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  79.28 
 
 		 628 aa  990    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  58.19 
 
 		 624 aa  701    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  55.76 
 
 		 622 aa  656    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  82.08 
 
 		 624 aa  1031    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  61.51 
 
 		 610 aa  732    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  51.41 
 
 		 621 aa  639    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  87.66 
 
 		 625 aa  1090    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  56.78 
 
 		 641 aa  685    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  79.28 
 
 		 628 aa  984    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  55.54 
 
 		 631 aa  694    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  54.18 
 
 		 641 aa  653    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  87.34 
 
 		 625 aa  1103    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  87.34 
 
 		 625 aa  1105    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  79.57 
 
 		 621 aa  981    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 631 aa  339  8e-92  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  34.49 
 
 		 628 aa  334  3e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 630 aa  315  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  29.56 
 
 		 636 aa  292  1e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 565 aa  279  1e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.4 
 
 		 588 aa  274  5.000000000000001e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 638 aa  274  5.000000000000001e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  29.69 
 
 		 629 aa  235  2.0000000000000002e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  28.91 
 
 		 611 aa  214  3.9999999999999995e-54  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  26.7 
 
 		 614 aa  205  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  28.88 
 
 		 612 aa  201  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.71 
 
 		 601 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0168  GGDEF domain-containing protein  46 
 
 		 268 aa  182  1e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.32 
 
 		 566 aa  164  4.0000000000000004e-39  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  26.81 
 
 		 627 aa  164  6e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.56 
 
 		 623 aa  161  4e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  45.97 
 
 		 462 aa  159  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.79 
 
 		 570 aa  159  1e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  40.85 
 
 		 542 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  44.04 
 
 		 591 aa  159  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  45.97 
 
 		 462 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.65 
 
 		 334 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.59 
 
 		 339 aa  156  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 460 aa  156  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 466 aa  155  2e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2380  diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 410 aa  155  2e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.99 
 
 		 352 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.69 
 
 		 337 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.21 
 
 		 341 aa  155  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.81 
 
 		 334 aa  155  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.71 
 
 		 313 aa  154  5.9999999999999996e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  45.95 
 
 		 469 aa  153  7e-36  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.47 
 
 		 359 aa  153  8.999999999999999e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.81 
 
 		 335 aa  153  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 459 aa  152  1e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.51 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  41.41 
 
 		 536 aa  152  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 346 aa  152  1e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  45.99 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 451 aa  152  1e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  45.05 
 
 		 328 aa  152  2e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.87 
 
 		 853 aa  152  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  45.7 
 
 		 367 aa  152  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 452 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  43.78 
 
 		 452 aa  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 620 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 353 aa  151  4e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 533 aa  150  5e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  45.45 
 
 		 327 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 481 aa  150  7e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  42.05 
 
 		 509 aa  150  7e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 334 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.2 
 
 		 481 aa  150  9e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  40.49 
 
 		 344 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 452 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  44.51 
 
 		 334 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  42.65 
 
 		 1637 aa  148  3e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5012  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 510 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  42.94 
 
 		 553 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.3 
 
 		 501 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 453 aa  148  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 340 aa  147  4.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4814  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.41 
 
 		 628 aa  148  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.230957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0318  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.18 
 
 		 612 aa  147  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  43.32 
 
 		 452 aa  147  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 660 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  47.13 
 
 		 323 aa  147  8.000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 660 aa  147  8.000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 559 aa  145  1e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.93 
 
 		 547 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2397  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 510 aa  146  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 452 aa  146  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  37.86 
 
 		 422 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  40.69 
 
 		 498 aa  146  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  24.77 
 
 		 557 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 452 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0275  diguanylate cyclase  42.53 
 
 		 630 aa  145  2e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0339591 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5454  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 510 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.488047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 340 aa  145  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  38.07 
 
 		 641 aa  145  3e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 340 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2279  diguanylate cyclase  32.07 
 
 		 467 aa  144  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  41.75 
 
 		 340 aa  144  4e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>