More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1906 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 603 aa  1246    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  43.87 
 
 		 564 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  30.79 
 
 		 630 aa  278  2e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.12 
 
 		 588 aa  269  8.999999999999999e-71  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  30.77 
 
 		 565 aa  261  2e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  28.36 
 
 		 629 aa  241  2.9999999999999997e-62  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  29.74 
 
 		 612 aa  235  2.0000000000000002e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  27.52 
 
 		 638 aa  227  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  33.66 
 
 		 795 aa  226  8e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.38 
 
 		 802 aa  226  1e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  25.98 
 
 		 636 aa  218  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.11 
 
 		 662 aa  216  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 		 782 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 662 aa  215  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 631 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 663 aa  214  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.42 
 
 		 614 aa  213  7.999999999999999e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.62 
 
 		 662 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.68 
 
 		 611 aa  208  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 622 aa  206  9e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  27.27 
 
 		 621 aa  206  1e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  30.07 
 
 		 668 aa  204  3e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  26.51 
 
 		 628 aa  203  6e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  28.8 
 
 		 677 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  30.43 
 
 		 601 aa  200  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.65 
 
 		 627 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  29.45 
 
 		 578 aa  194  4e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 561 aa  190  7e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  29.16 
 
 		 566 aa  188  3e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 641 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.13 
 
 		 726 aa  181  2.9999999999999997e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.81 
 
 		 867 aa  181  4e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  28.09 
 
 		 629 aa  178  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  26.59 
 
 		 610 aa  176  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  26.65 
 
 		 570 aa  176  9e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.56 
 
 		 749 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  27.64 
 
 		 571 aa  171  5e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  29.12 
 
 		 715 aa  170  5e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  26.43 
 
 		 673 aa  169  1e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.26 
 
 		 564 aa  167  6.9999999999999995e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.36 
 
 		 642 aa  164  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 644 aa  164  6e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  29.22 
 
 		 724 aa  163  9e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  28.44 
 
 		 564 aa  162  2e-38  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.76 
 
 		 853 aa  158  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  29.5 
 
 		 557 aa  157  4e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 516 aa  156  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  26.39 
 
 		 623 aa  156  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.49 
 
 		 708 aa  155  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  46.15 
 
 		 335 aa  154  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 334 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 334 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1058  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 333 aa  152  2e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0856452  normal  0.699737 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  26.02 
 
 		 634 aa  151  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 334 aa  151  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  50 
 
 		 498 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0832  diguanylate cyclase  50.63 
 
 		 496 aa  150  8e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  27.95 
 
 		 577 aa  148  3e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  27.63 
 
 		 506 aa  148  3e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4330  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.23 
 
 		 325 aa  147  5e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  44.64 
 
 		 334 aa  146  8.000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  47.34 
 
 		 496 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0821  diguanylate cyclase  48.77 
 
 		 496 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.605291  normal  0.227561 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0807  diguanylate cyclase  47.9 
 
 		 340 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 502 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.97 
 
 		 487 aa  144  4e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 525 aa  144  4e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1125  GGDEF  44.91 
 
 		 509 aa  144  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.394023  normal  0.376452 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  24.86 
 
 		 581 aa  143  8e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  47.31 
 
 		 501 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 322 aa  142  1.9999999999999998e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 498 aa  141  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2297  diguanylate cyclase  36.26 
 
 		 533 aa  141  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.777078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0766  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 501 aa  141  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  27.22 
 
 		 707 aa  141  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  43.45 
 
 		 334 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 373 aa  140  4.999999999999999e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 522 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 305 aa  140  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  42.78 
 
 		 347 aa  140  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 313 aa  140  6e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  42.77 
 
 		 624 aa  140  6e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  40 
 
 		 792 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 577 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  28.65 
 
 		 571 aa  140  6e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  48.21 
 
 		 323 aa  140  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  47.4 
 
 		 1262 aa  140  7e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3547  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 587 aa  140  7.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 648 aa  140  7.999999999999999e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  25.81 
 
 		 569 aa  139  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  46.84 
 
 		 503 aa  139  1e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  40.84 
 
 		 664 aa  139  1e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.62 
 
 		 483 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  43.26 
 
 		 625 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  41.62 
 
 		 327 aa  138  2e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 353 aa  138  2e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 252 aa  138  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  44.89 
 
 		 370 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  28.49 
 
 		 696 aa  139  2e-31  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>