More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_3939 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 588 aa  1209    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  37.96 
 
 		 630 aa  392  1e-108  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 565 aa  363  4e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  31.38 
 
 		 636 aa  304  4.0000000000000003e-81  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  31.9 
 
 		 614 aa  290  3e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  33.58 
 
 		 631 aa  282  1e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  33.1 
 
 		 624 aa  279  8e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  29.06 
 
 		 631 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  31.32 
 
 		 629 aa  272  1e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 625 aa  272  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  29.57 
 
 		 625 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 624 aa  267  4e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 625 aa  267  4e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  31.27 
 
 		 638 aa  266  7e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 622 aa  266  8e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  32.07 
 
 		 628 aa  265  2e-69  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  30.4 
 
 		 625 aa  264  4e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  30.12 
 
 		 603 aa  263  6e-69  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  32.36 
 
 		 610 aa  261  3e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  32.9 
 
 		 641 aa  259  8e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  29.73 
 
 		 621 aa  258  2e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  31.29 
 
 		 612 aa  258  3e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 628 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  30.52 
 
 		 564 aa  253  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  31.98 
 
 		 641 aa  253  7e-66  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 621 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  29.81 
 
 		 628 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 628 aa  252  1e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  33.39 
 
 		 601 aa  248  2e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  30.05 
 
 		 611 aa  247  4e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  30.23 
 
 		 627 aa  236  6e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  28.1 
 
 		 566 aa  220  5e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  33.33 
 
 		 795 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  31.13 
 
 		 673 aa  211  4e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  30.28 
 
 		 629 aa  206  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.08 
 
 		 802 aa  201  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  30.88 
 
 		 782 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  28.62 
 
 		 634 aa  197  6e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.84 
 
 		 726 aa  193  8e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.32 
 
 		 662 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30 
 
 		 867 aa  191  4e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 663 aa  187  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.88 
 
 		 662 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.38 
 
 		 853 aa  186  7e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  30.25 
 
 		 668 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.34 
 
 		 662 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  25.76 
 
 		 570 aa  179  1e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  28.24 
 
 		 578 aa  176  9.999999999999999e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  30.75 
 
 		 677 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  27.04 
 
 		 623 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  43.24 
 
 		 339 aa  161  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.05 
 
 		 749 aa  160  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.41 
 
 		 708 aa  159  2e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 620 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  25.5 
 
 		 618 aa  154  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.67 
 
 		 600 aa  154  5.9999999999999996e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  41.03 
 
 		 327 aa  153  7e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 518 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  37.75 
 
 		 648 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 547 aa  152  2e-35  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  44.44 
 
 		 1643 aa  150  5e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  28.96 
 
 		 707 aa  150  7e-35  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 320 aa  150  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  42.16 
 
 		 1726 aa  150  8e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  42.93 
 
 		 536 aa  149  9e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 553 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.07 
 
 		 642 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  43.24 
 
 		 1637 aa  149  1.0000000000000001e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  27.9 
 
 		 715 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  43.82 
 
 		 480 aa  148  3e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 252 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.67 
 
 		 772 aa  147  7.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  41.8 
 
 		 591 aa  147  7.0000000000000006e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 313 aa  146  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  25.75 
 
 		 557 aa  146  1e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 308 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 308 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 323 aa  146  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  38.56 
 
 		 453 aa  145  1e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0410  diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 516 aa  146  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  41.53 
 
 		 344 aa  145  2e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1305  GGDEF domain protein  43.79 
 
 		 502 aa  145  2e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.620212  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  41.18 
 
 		 1636 aa  145  2e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 326 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  25.99 
 
 		 561 aa  145  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 343 aa  145  3e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.57 
 
 		 960 aa  144  3e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3528  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.43 
 
 		 310 aa  145  3e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.63 
 
 		 330 aa  144  4e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 346 aa  144  6e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.61 
 
 		 324 aa  144  6e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  31.73 
 
 		 464 aa  143  7e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  24.06 
 
 		 577 aa  143  8e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  24.45 
 
 		 506 aa  143  8e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 422 aa  143  9e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.18 
 
 		 1262 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.81 
 
 		 634 aa  143  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3770  PAS:GGDEF  43.82 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0223226 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 503 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  42.86 
 
 		 625 aa  143  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>