236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4358 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_4358  Diverse 7TM receptor transmembrane region  100 
 
 
600 aa  1251    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.934126  normal  0.0321305 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  44.84 
 
 
642 aa  569  1e-161  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  46.2 
 
 
634 aa  535  1e-150  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1654  chromosome segregation ATPase; intracellular signalling protein  29.36 
 
 
596 aa  264  3e-69  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.353113  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3338  hypothetical protein  28.48 
 
 
641 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.0108944 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2267  hypothetical protein  26.48 
 
 
590 aa  218  2e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.22249  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1222  signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
650 aa  197  5.000000000000001e-49  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.495402  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3468  sensor histidine kinase  28.57 
 
 
651 aa  177  6e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  28.84 
 
 
726 aa  169  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.81 
 
 
782 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0255  sensor protein  30.38 
 
 
631 aa  159  2e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  27.67 
 
 
588 aa  154  7e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  26.22 
 
 
795 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  27.44 
 
 
715 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
663 aa  147  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  27.11 
 
 
614 aa  145  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  26.3 
 
 
677 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.71 
 
 
802 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  26.2 
 
 
668 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.99 
 
 
662 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
662 aa  134  6e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 
662 aa  133  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  26.78 
 
 
565 aa  133  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  25.12 
 
 
707 aa  132  3e-29  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  25.48 
 
 
627 aa  124  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  23.6 
 
 
630 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  24.26 
 
 
612 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.67 
 
 
644 aa  119  1.9999999999999998e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.37 
 
 
708 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  26.43 
 
 
603 aa  114  4.0000000000000004e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  23.13 
 
 
631 aa  113  1.0000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  25.2 
 
 
716 aa  113  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  24.79 
 
 
564 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6490  ATP-binding region ATPase domain protein  26.26 
 
 
636 aa  112  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  25 
 
 
724 aa  110  6e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  25 
 
 
696 aa  110  8.000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  26.67 
 
 
566 aa  110  9.000000000000001e-23  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  25.41 
 
 
749 aa  109  2e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  21.73 
 
 
638 aa  107  5e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  21.13 
 
 
621 aa  104  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  23.44 
 
 
914 aa  103  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  25.08 
 
 
578 aa  102  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  25.06 
 
 
673 aa  101  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  24.77 
 
 
629 aa  100  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  23.74 
 
 
611 aa  101  5e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  23.68 
 
 
636 aa  99.4  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0675  aerobic respiration sensor-response protein; histidine protein kinase  23.23 
 
 
646 aa  98.2  3e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.779748  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.71 
 
 
867 aa  98.6  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2395  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.19 
 
 
686 aa  98.2  4e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.000000161382  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  22.54 
 
 
660 aa  96.3  1e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  22.88 
 
 
641 aa  94.4  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  24.53 
 
 
631 aa  92.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  22.29 
 
 
918 aa  92  3e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  22.83 
 
 
918 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  23.06 
 
 
853 aa  89  2e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0223  sensor histidine kinase  23.04 
 
 
655 aa  88.2  4e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.142406  normal  0.0289163 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  22.59 
 
 
624 aa  86.7  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  21.91 
 
 
624 aa  85.1  0.000000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  22.42 
 
 
625 aa  84.3  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  27.54 
 
 
561 aa  84  0.000000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  23.28 
 
 
730 aa  83.2  0.00000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  21.89 
 
 
629 aa  83.2  0.00000000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  24.03 
 
 
1042 aa  82.4  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6429  response regulator receiver protein  22.62 
 
 
553 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  23.84 
 
 
601 aa  82  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  23.58 
 
 
625 aa  81.6  0.00000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  21.37 
 
 
628 aa  80.1  0.0000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1714  ATP-binding region ATPase domain protein  22.07 
 
 
666 aa  79  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.84327  hitchhiker  0.000293695 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1562  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  21.44 
 
 
680 aa  79  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.327156  normal  0.581936 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  21.85 
 
 
622 aa  79  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  21.51 
 
 
577 aa  78.6  0.0000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  22.31 
 
 
625 aa  77.4  0.0000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  22.31 
 
 
625 aa  77  0.0000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  22.7 
 
 
628 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  22.7 
 
 
628 aa  76.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  21.84 
 
 
628 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  22.7 
 
 
621 aa  75.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  22.8 
 
 
641 aa  75.5  0.000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  23.83 
 
 
557 aa  74.7  0.000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1637  sensor histidine kinase  22.51 
 
 
656 aa  74.3  0.000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0556277  normal  0.025492 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  22.29 
 
 
914 aa  72.8  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0992  two-component sensor histidine kinase  20.07 
 
 
696 aa  69.3  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0439814  normal  0.153335 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  23.27 
 
 
610 aa  67  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4607  histidine kinase  21.74 
 
 
696 aa  65.1  0.000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.998833  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1007  signal transduction histidine kinase, LytS  20.5 
 
 
684 aa  65.1  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0100  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.13 
 
 
1182 aa  65.1  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  23.26 
 
 
634 aa  64.3  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3037  7TM domain sensor diguanylate cyclase  21.58 
 
 
506 aa  63.9  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  18.23 
 
 
648 aa  62  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0611  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  20.05 
 
 
925 aa  61.6  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.62789  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1543  hypothetical protein  27.19 
 
 
359 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.165042 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3230  hypothetical protein  27.19 
 
 
356 aa  61.6  0.00000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3177  hypothetical protein  27.19 
 
 
366 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0357941  normal  0.042708 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3779  hypothetical protein  26.5 
 
 
334 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.603966 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5775  hypothetical protein  26.5 
 
 
334 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0230783 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3539  hypothetical protein  27.66 
 
 
338 aa  60.5  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2206  hypothetical protein  27.66 
 
 
338 aa  60.5  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.48827  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0781  hypothetical protein  27.66 
 
 
338 aa  60.5  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3333  hypothetical protein  27.66 
 
 
338 aa  60.5  0.00000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.664615  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1665  hypothetical protein  27.43 
 
 
313 aa  59.7  0.0000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.908371  normal  0.0645935 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>