More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4796 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.95 
 
 		 662 aa  704    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  100 
 
 		 668 aa  1369    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  88.54 
 
 		 677 aa  1211    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  60.55 
 
 		 782 aa  797    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  55.83 
 
 		 802 aa  724    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.21 
 
 		 663 aa  699    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.92 
 
 		 662 aa  714    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  55.39 
 
 		 795 aa  726    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  55.18 
 
 		 662 aa  695    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  35.11 
 
 		 918 aa  298  3e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  34.2 
 
 		 918 aa  290  7e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.39 
 
 		 914 aa  282  2e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  34.62 
 
 		 914 aa  273  6e-72  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.29 
 
 		 1045 aa  236  2.0000000000000002e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  27.5 
 
 		 1042 aa  221  5e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.69 
 
 		 726 aa  220  7.999999999999999e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  25.89 
 
 		 715 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2513  ATP-binding region, ATPase-like  26.46 
 
 		 945 aa  210  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.543755  normal  0.160676 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  33.16 
 
 		 614 aa  209  2e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.84 
 
 		 644 aa  206  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  29.76 
 
 		 630 aa  205  3e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  30.07 
 
 		 603 aa  201  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  29.16 
 
 		 564 aa  194  3e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.27 
 
 		 660 aa  194  4e-48  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1876  histidine kinase  26.92 
 
 		 979 aa  192  1e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0246829  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 612 aa  190  7e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  24.1 
 
 		 724 aa  190  9e-47  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.02 
 
 		 853 aa  186  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  32.3 
 
 		 636 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  30.42 
 
 		 749 aa  185  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  37.85 
 
 		 641 aa  185  3e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  32.91 
 
 		 638 aa  182  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.25 
 
 		 588 aa  182  1e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0501  histidine kinase  25.32 
 
 		 955 aa  182  2e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  30.3 
 
 		 565 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.84 
 
 		 874 aa  181  2.9999999999999997e-44  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5597  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.34 
 
 		 634 aa  181  5.999999999999999e-44  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  35.74 
 
 		 631 aa  180  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  24.55 
 
 		 708 aa  179  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.49 
 
 		 614 aa  177  7e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.73 
 
 		 867 aa  176  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.63 
 
 		 1011 aa  175  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2984  PAS sensor protein  34.31 
 
 		 2109 aa  175  2.9999999999999996e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.591507  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  29.77 
 
 		 611 aa  174  5e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.61 
 
 		 846 aa  174  5e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  39.83 
 
 		 933 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.1 
 
 		 929 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3291  hybrid sensory histidine kinase BarA  39.83 
 
 		 933 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59315  hitchhiker  0.0011455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3148  hybrid sensory histidine kinase BarA  39.83 
 
 		 932 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238696  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  39.83 
 
 		 933 aa  173  7.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  38.13 
 
 		 1346 aa  172  1e-41  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2076  GAF sensor hybrid histidine kinase  34.97 
 
 		 2107 aa  173  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  41.63 
 
 		 1177 aa  172  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5151  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.79 
 
 		 1022 aa  172  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1127 aa  171  5e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1047  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.96 
 
 		 952 aa  171  6e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017027  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1117  ATPase domain-containing protein  40.66 
 
 		 847 aa  170  6e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.511479  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4779  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.79 
 
 		 1195 aa  170  7e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.133558  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02943  two-component system sensor protein  36.36 
 
 		 727 aa  170  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00726909  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3706  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.51 
 
 		 738 aa  170  7e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2882  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  36.43 
 
 		 1032 aa  170  8e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0790  hybrid sensory histidine kinase BarA  31.81 
 
 		 906 aa  170  9e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.437862  normal  0.397369 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  33.49 
 
 		 601 aa  170  9e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  38.56 
 
 		 1014 aa  169  1e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0066  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39 
 
 		 721 aa  169  1e-40  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.34 
 
 		 1202 aa  169  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  38.1 
 
 		 982 aa  168  2e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3314  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.19 
 
 		 1582 aa  169  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.660804  hitchhiker  0.0000234203 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 866 aa  169  2e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2370  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  37.64 
 
 		 899 aa  169  2e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.382891  normal  0.337313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3847  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.8 
 
 		 921 aa  169  2e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.73 
 
 		 873 aa  169  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  35.71 
 
 		 882 aa  168  2.9999999999999998e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2154  hypothetical protein  37.45 
 
 		 786 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0411448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 1363 aa  168  4e-40  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4076  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 876 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  37.82 
 
 		 651 aa  167  4e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2101  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.33 
 
 		 678 aa  167  4e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.007905  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  32.86 
 
 		 932 aa  167  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  41.78 
 
 		 932 aa  167  5e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2767  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.96 
 
 		 933 aa  167  5.9999999999999996e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.1 
 
 		 896 aa  167  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  40 
 
 		 588 aa  167  5.9999999999999996e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.89 
 
 		 738 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3457  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.53 
 
 		 935 aa  167  6.9999999999999995e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 		 877 aa  167  6.9999999999999995e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3350  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal:Hpt  37.04 
 
 		 923 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.634179 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1271  hybrid signal transduction histidine kinase and diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.44 
 
 		 1499 aa  166  1.0000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.422796  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1175  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.96 
 
 		 935 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  35.14 
 
 		 553 aa  166  1.0000000000000001e-39  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 		 1287 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.41 
 
 		 765 aa  166  2.0000000000000002e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.62 
 
 		 933 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 643 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.96 
 
 		 935 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.715392 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  38.53 
 
 		 935 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  37.01 
 
 		 772 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 		 627 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.85 
 
 		 1059 aa  164  4.0000000000000004e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.66 
 
 		 631 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>