More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2871 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2871  response regulator  100 
 
 		 564 aa  1145    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  43.87 
 
 		 603 aa  438  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  30.83 
 
 		 588 aa  268  2e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 565 aa  257  5e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.34 
 
 		 630 aa  253  6e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  30.21 
 
 		 629 aa  236  7e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  29.12 
 
 		 636 aa  226  7e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 614 aa  223  6e-57  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  30.47 
 
 		 612 aa  220  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  28.11 
 
 		 638 aa  220  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 		 662 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  29.89 
 
 		 601 aa  206  1e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 		 782 aa  206  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  29.16 
 
 		 668 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  31.94 
 
 		 677 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.16 
 
 		 802 aa  205  2e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 		 663 aa  204  4e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  33.58 
 
 		 749 aa  203  6e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 		 662 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  32.39 
 
 		 570 aa  202  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  31.29 
 
 		 634 aa  201  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  28.96 
 
 		 611 aa  199  9e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  28.8 
 
 		 578 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  27.76 
 
 		 566 aa  199  1.0000000000000001e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.51 
 
 		 662 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  33.96 
 
 		 795 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  26.94 
 
 		 628 aa  195  2e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  29.07 
 
 		 631 aa  194  3e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 627 aa  192  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  28.26 
 
 		 641 aa  189  2e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  28.95 
 
 		 715 aa  187  3e-46  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.4 
 
 		 561 aa  181  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  25.36 
 
 		 581 aa  168  2.9999999999999998e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  30.96 
 
 		 726 aa  167  4e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  27.16 
 
 		 648 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  28.15 
 
 		 641 aa  166  8e-40  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  26.28 
 
 		 577 aa  166  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  26.28 
 
 		 571 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.53 
 
 		 644 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  29.88 
 
 		 629 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  29.67 
 
 		 673 aa  157  6e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  27.74 
 
 		 557 aa  154  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  27.86 
 
 		 708 aa  154  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  26.31 
 
 		 622 aa  154  5.9999999999999996e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  26.3 
 
 		 724 aa  153  7e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  24.46 
 
 		 564 aa  151  3e-35  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2593  diguanylate cyclase  26.68 
 
 		 569 aa  151  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0279465  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  23.82 
 
 		 569 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  25.34 
 
 		 618 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.41 
 
 		 314 aa  147  7.0000000000000006e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.29 
 
 		 853 aa  146  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  47.19 
 
 		 563 aa  146  1e-33  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.59 
 
 		 914 aa  144  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3096  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 452 aa  144  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0200719  hitchhiker  0.00269086 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  24.92 
 
 		 623 aa  143  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.47 
 
 		 867 aa  142  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  28.69 
 
 		 707 aa  143  9.999999999999999e-33  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3212  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.46 
 
 		 550 aa  141  3e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  41.78 
 
 		 502 aa  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 466 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3756  diguanylate cyclase  26.6 
 
 		 577 aa  140  6e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.40748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.83 
 
 		 483 aa  140  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 460 aa  140  7e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  24.61 
 
 		 571 aa  140  7.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3178  diguanylate cyclase  41.99 
 
 		 452 aa  139  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0366604  hitchhiker  0.0000463802 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 452 aa  139  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  24.86 
 
 		 621 aa  139  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2989  response regulator receiver protein  26.31 
 
 		 577 aa  139  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  32.32 
 
 		 918 aa  137  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  31.07 
 
 		 918 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1121  diguanylate cyclase  33.87 
 
 		 305 aa  137  7.000000000000001e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.323017 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 523 aa  137  7.000000000000001e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3160  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 452 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.413104  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2546  diguanylate cyclase  41.44 
 
 		 452 aa  137  7.000000000000001e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.192419  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.68 
 
 		 642 aa  136  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1073  7TM domain sensor diguanylate cyclase  26.52 
 
 		 596 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.494808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4666  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 501 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0421428  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2731  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 714 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1099  response regulator receiver domain-containing protein  39.29 
 
 		 390 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.076371  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0638  diguanylate cyclase  45.79 
 
 		 524 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0484455 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.07 
 
 		 499 aa  135  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  42.6 
 
 		 378 aa  134  3e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.72 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 243 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  39.9 
 
 		 308 aa  134  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  44.31 
 
 		 624 aa  134  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.62 
 
 		 322 aa  134  6e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 624 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0926  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 494 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0109  diguanylate cyclase  44.65 
 
 		 461 aa  133  1.0000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2594  diguanylate cyclase  25.59 
 
 		 582 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4491  diguanylate cyclase  45.02 
 
 		 531 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0798  GGDEF domain-containing protein  48.41 
 
 		 496 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.412232  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  44.05 
 
 		 625 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 		 306 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 487 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  47.13 
 
 		 498 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.62 
 
 		 1826 aa  132  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>