More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_1988 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  100 
 
 
715 aa  1447    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  55.74 
 
 
724 aa  744    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  43.32 
 
 
726 aa  600  1e-170  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  44.66 
 
 
707 aa  568  1e-161  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  41.62 
 
 
708 aa  551  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2800  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  43.97 
 
 
696 aa  538  1e-151  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0120614  normal  0.163305 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1526  ATP-binding region ATPase domain protein  39.52 
 
 
730 aa  476  1e-133  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.559372  normal  0.545024 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2799  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  39.08 
 
 
716 aa  471  1.0000000000000001e-131  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.0000869  normal  0.160664 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0083  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  41.69 
 
 
1780 aa  235  2.0000000000000002e-60  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  unclonable  0.000111107  normal  0.0603915 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4189  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.62 
 
 
699 aa  223  9.999999999999999e-57  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1980  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.96 
 
 
1901 aa  222  1.9999999999999999e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0349147  normal  0.535824 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  26.52 
 
 
782 aa  220  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1954  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  36.78 
 
 
468 aa  219  1e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.424678 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  26.06 
 
 
677 aa  219  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  25.89 
 
 
668 aa  218  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2556  ATP-binding region, ATPase-like  39.5 
 
 
1811 aa  218  4e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3827  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.76 
 
 
585 aa  217  5.9999999999999996e-55  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.474444  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0203  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.66 
 
 
439 aa  213  7e-54  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.283805 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2108  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.04 
 
 
1123 aa  212  2e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2562  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  39.58 
 
 
437 aa  210  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3575  GAF sensor signal transduction histidine kinase  38.92 
 
 
494 aa  210  6e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.242306  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0521  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  38.26 
 
 
1072 aa  210  9e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4716  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  38.44 
 
 
1808 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.230197  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4155  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  35.64 
 
 
440 aa  208  2e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.50715  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.28 
 
 
644 aa  209  2e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2466  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.65 
 
 
688 aa  207  6e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0733  sensory box sensor histidine kinase  34.75 
 
 
358 aa  207  8e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.724389  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4433  GAF sensor Signal transduction histidine kinase  32.92 
 
 
680 aa  206  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0709  sensory box sensor histidine kinase  35.03 
 
 
358 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2312  Signal transduction histidine kinase  35.03 
 
 
389 aa  206  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2229  sensor histidine kinase  35.03 
 
 
389 aa  206  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0413  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  36.02 
 
 
715 aa  204  3e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0426655 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2150  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 
443 aa  204  4e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.394463 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2288  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.89 
 
 
678 aa  204  4e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2287  histidine kinase  36.96 
 
 
770 aa  204  4e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.709847  normal  0.24871 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1660  sensory box sensor histidine kinase  34.75 
 
 
358 aa  204  5e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1978  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.39 
 
 
553 aa  204  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.260474  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0601  sensor histidine kinase  34.75 
 
 
389 aa  204  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1718  sensor histidine kinase  34.75 
 
 
389 aa  204  6e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1925  sensor histidine kinase  34.75 
 
 
389 aa  204  6e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574394  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4401  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.58 
 
 
641 aa  203  7e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000108821  hitchhiker  0.00000304156 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  24.44 
 
 
802 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4305  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  33.74 
 
 
594 aa  203  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.350102  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4885  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  37 
 
 
971 aa  203  9.999999999999999e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00047345  hitchhiker  0.00891826 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1210  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 
1036 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4489  serine/threonine protein kinase and signal transduction histidine kinase with GAF sensor  35.07 
 
 
1850 aa  201  3.9999999999999996e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.613962  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5029  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.3 
 
 
537 aa  201  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.559504  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2149  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  37.23 
 
 
407 aa  199  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.142048 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4504  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.2 
 
 
1795 aa  198  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.575028 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3478  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 
1021 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1669  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.66 
 
 
675 aa  197  8.000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.532604  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  23.73 
 
 
795 aa  196  9e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3976  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  37.8 
 
 
431 aa  196  9e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0119459  decreased coverage  0.00202838 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2945  sensor histidine kinase/response regulator  33.53 
 
 
505 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.16803 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2176  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  38.01 
 
 
551 aa  196  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2742  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  33.24 
 
 
467 aa  196  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.759384  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3535  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.09 
 
 
1804 aa  194  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.655347 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2369  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.9 
 
 
1146 aa  194  3e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0055  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  38.91 
 
 
591 aa  193  7e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.291296 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  31.73 
 
 
630 aa  194  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03495  Signal transduction histidine kinase  34.07 
 
 
557 aa  193  8e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2409  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.49 
 
 
713 aa  193  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00581493 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2449  putative two-component sensor  34.49 
 
 
305 aa  193  1e-47  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0071  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.74 
 
 
392 aa  192  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  30.71 
 
 
614 aa  193  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3526  histidine kinase  36.09 
 
 
458 aa  191  2.9999999999999997e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3477  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 
1465 aa  191  2.9999999999999997e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2646  sensor histidine kinase  30.49 
 
 
445 aa  191  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.215713  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5447  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 
448 aa  190  8e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.151261 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7222  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.55 
 
 
589 aa  190  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.368099  normal  0.237593 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1428  histidine kinase  33.12 
 
 
457 aa  189  1e-46  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0203  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.64 
 
 
928 aa  189  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2389  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.9 
 
 
919 aa  189  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0121364  normal  0.244998 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5981  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.75 
 
 
602 aa  189  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5938  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
611 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3721  histidine kinase  36.16 
 
 
468 aa  187  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.620219  normal  0.904742 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4267  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
920 aa  187  5e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.427851  normal  0.366245 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6277  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.18 
 
 
594 aa  187  5e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5574  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
611 aa  187  5e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0719  Signal transduction histidine kinase sensor  33.74 
 
 
785 aa  187  8e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00268576  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0614  sensor histidine kinase  34.09 
 
 
626 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.294788  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30840  putative signal transduction histidine kinase  30.69 
 
 
470 aa  186  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000329503  hitchhiker  1.67285e-16 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6440  histidine kinase  34.09 
 
 
611 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.920923  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3995  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  36.3 
 
 
1794 aa  185  3e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4136  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  35.58 
 
 
440 aa  184  5.0000000000000004e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.00000660181  hitchhiker  0.00876613 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06148  histidine kinase  34.69 
 
 
408 aa  184  6e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00011043  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01018  histidine kinase  34.69 
 
 
408 aa  184  6e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.185766  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4503  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  37.81 
 
 
1797 aa  183  1e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.194827  normal  0.137244 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2845  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF and PAS/PAC sensor  36.18 
 
 
1934 aa  182  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.218586  normal  0.818872 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2093  histidine kinase  36.18 
 
 
468 aa  182  2e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.578999  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2152  histidine kinase  34.73 
 
 
342 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.72788 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1767  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.44 
 
 
785 aa  181  4.999999999999999e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0937227 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  36.86 
 
 
1187 aa  180  8e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2719  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.86 
 
 
683 aa  180  8e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
662 aa  180  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1831  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 
685 aa  179  1e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0124  response regulator receiver Signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 
470 aa  179  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2803  Serine/threonine protein kinase and Signal transduction histidine kinase (STHK) with GAF sensor  35.51 
 
 
1805 aa  180  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.70885 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3259  sensor histidine kinase  36.18 
 
 
598 aa  179  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.408532  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0260  sensor histidine kinase  32.79 
 
 
627 aa  179  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>