More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_2538 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 648 aa  1320    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  30.15 
 
 		 561 aa  175  1.9999999999999998e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  27.87 
 
 		 564 aa  169  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  27 
 
 		 638 aa  165  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  26.72 
 
 		 630 aa  149  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1483  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 335 aa  147  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.882912  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  27.07 
 
 		 627 aa  145  3e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  27.92 
 
 		 565 aa  144  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  25.09 
 
 		 588 aa  143  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3973  hypothetical protein  38.66 
 
 		 355 aa  142  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0517181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 355 aa  140  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.85 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 355 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  27.52 
 
 		 795 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  26.59 
 
 		 612 aa  137  7.000000000000001e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  25.62 
 
 		 603 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1658  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 354 aa  135  3e-30  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.287196  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  25.99 
 
 		 629 aa  135  3e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  44 
 
 		 373 aa  133  9e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 402 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.98 
 
 		 353 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2754  diguanylate cyclase  42.46 
 
 		 355 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0798314  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3062  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 352 aa  130  6e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2986  diguanylate cyclase  40.35 
 
 		 352 aa  130  6e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0275567 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  39.2 
 
 		 425 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  28.24 
 
 		 802 aa  130  7.000000000000001e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  41.18 
 
 		 485 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3286  diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 352 aa  130  9.000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.68 
 
 		 796 aa  130  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2322  diguanylate cyclase  36.76 
 
 		 354 aa  129  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 499 aa  129  2.0000000000000002e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  41.94 
 
 		 649 aa  129  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.04 
 
 		 566 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.59 
 
 		 485 aa  128  3e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 400 aa  128  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  39.67 
 
 		 455 aa  128  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.21 
 
 		 796 aa  127  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1432  response regulator PleD  42.35 
 
 		 457 aa  127  7e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6915  diguanylate cyclase  37.98 
 
 		 202 aa  127  7e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.322303  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.11 
 
 		 662 aa  127  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4046  diguanylate cyclase  39.89 
 
 		 370 aa  127  8.000000000000001e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.822209  normal  0.170449 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  39.55 
 
 		 342 aa  126  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  40.11 
 
 		 1034 aa  126  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 578 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3261  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 360 aa  126  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.455053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 339 aa  126  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4746  response regulator PleD  40.53 
 
 		 466 aa  126  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0979514  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 486 aa  126  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1832  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 504 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.252767  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0142  metal dependent phosphohydrolase  35.47 
 
 		 545 aa  125  2e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000694732  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 		 662 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  40 
 
 		 485 aa  126  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1211  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1916  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 736 aa  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1243  diguanylate cyclase  39.39 
 
 		 419 aa  125  3e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  38.46 
 
 		 480 aa  125  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1282  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 578 aa  125  3e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  39.26 
 
 		 836 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.26 
 
 		 841 aa  124  4e-27  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3614  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.41 
 
 		 310 aa  125  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  30.9 
 
 		 398 aa  124  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 800 aa  124  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  23.71 
 
 		 611 aa  124  6e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  26.55 
 
 		 673 aa  124  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 796 aa  124  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 485 aa  124  8e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 738 aa  124  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  36.36 
 
 		 1643 aa  123  9e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.26 
 
 		 792 aa  123  9.999999999999999e-27  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1051  diguanylate cyclase  40 
 
 		 424 aa  123  9.999999999999999e-27  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  40.68 
 
 		 457 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 758 aa  123  9.999999999999999e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 453 aa  123  9.999999999999999e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0619  response regulator receiver protein  37.63 
 
 		 378 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  37.36 
 
 		 796 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 794 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4536  diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 503 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221207  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  25.91 
 
 		 636 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 		 416 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 485 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  38.89 
 
 		 461 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0868  GGDEF domain-containing protein  42.54 
 
 		 494 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.796056  normal  0.69001 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.12 
 
 		 499 aa  122  1.9999999999999998e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0129  metal dependent phosphohydrolase  37.93 
 
 		 505 aa  122  3e-26  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  40.49 
 
 		 578 aa  121  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 353 aa  121  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 454 aa  122  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.46 
 
 		 448 aa  122  3e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2914  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.6 
 
 		 312 aa  121  3.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  26.94 
 
 		 601 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  24.51 
 
 		 621 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 433 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0223  diguanylate cyclase  36.7 
 
 		 357 aa  121  3.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.133267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3324  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 353 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  31.27 
 
 		 1636 aa  121  3.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  33.67 
 
 		 794 aa  121  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.9 
 
 		 622 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>