More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4835 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.92 
 
 		 662 aa  1256    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  63.05 
 
 		 795 aa  805    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  55.43 
 
 		 668 aa  709    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  56.06 
 
 		 677 aa  701    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 662 aa  1329    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  64.31 
 
 		 802 aa  814    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.17 
 
 		 662 aa  1271    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  63.28 
 
 		 782 aa  832    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  86.77 
 
 		 663 aa  1132    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2958  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  32.7 
 
 		 914 aa  300  8e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0730745  normal  0.010886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19340  putative sensor/response regulator hybrid  34.29 
 
 		 918 aa  298  2e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1665  putative sensor/response regulator hybrid  33.65 
 
 		 918 aa  288  2e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.879832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34990  integral membrane hybrid histidine protein kinase  32.17 
 
 		 914 aa  259  8e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0507  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.5 
 
 		 1045 aa  225  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00490  sensor protein BarA  26.53 
 
 		 1042 aa  221  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  32.11 
 
 		 603 aa  214  3.9999999999999995e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  34.06 
 
 		 614 aa  213  9e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0737  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.95 
 
 		 644 aa  212  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00181069  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 630 aa  207  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2391  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.92 
 
 		 726 aa  204  3e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1682  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  28.74 
 
 		 749 aa  201  3.9999999999999996e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0141753  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  31.42 
 
 		 636 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0501  histidine kinase  26.62 
 
 		 955 aa  194  5e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  34.77 
 
 		 612 aa  193  7e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  32.28 
 
 		 564 aa  190  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1596  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.66 
 
 		 660 aa  190  5.999999999999999e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.351374 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2513  ATP-binding region, ATPase-like  26.55 
 
 		 945 aa  189  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.543755  normal  0.160676 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2796  phosphoglycerate transport; protein for signal transmission  25.21 
 
 		 724 aa  185  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000463972  normal  0.015669 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  32.88 
 
 		 565 aa  180  7e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  29.34 
 
 		 588 aa  180  7e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.12 
 
 		 1363 aa  179  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  30.17 
 
 		 638 aa  179  2e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1988  sensor protein for response regulator AtoC  25.89 
 
 		 715 aa  178  3e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.431904  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4541  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 		 896 aa  177  4e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  29.6 
 
 		 708 aa  177  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4725  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 614 aa  176  9.999999999999999e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.269083  normal  0.0435637 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  34.59 
 
 		 661 aa  174  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1204  sensory box histidine kinase/response regulator  41.96 
 
 		 1177 aa  174  6.999999999999999e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4117  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.65 
 
 		 948 aa  174  6.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.598015  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1876  histidine kinase  27.2 
 
 		 979 aa  174  6.999999999999999e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0246829  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.92 
 
 		 846 aa  173  7.999999999999999e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4293  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.52 
 
 		 1011 aa  173  9e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.291525  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3291  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 933 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.59315  hitchhiker  0.0011455 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3148  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 932 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0238696  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1223  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 933 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.915072  hitchhiker  0.00275603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3146  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 933 aa  173  1e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.155765  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  36.44 
 
 		 606 aa  172  2e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1047  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.21 
 
 		 952 aa  172  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.017027  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.13 
 
 		 816 aa  171  4e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0659  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 		 570 aa  170  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.833549 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 935 aa  170  8e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.527009 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0578  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 667 aa  170  9e-41  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  38.08 
 
 		 764 aa  170  9e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1031  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.88 
 
 		 941 aa  169  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.581247  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 		 866 aa  169  1e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1109  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 935 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.715392 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1175  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.81 
 
 		 935 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  normal  0.0419846 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1180  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.58 
 
 		 929 aa  168  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.175711  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  37.83 
 
 		 571 aa  169  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0578  histidine kinase  32.81 
 
 		 732 aa  168  2.9999999999999998e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.33 
 
 		 874 aa  168  2.9999999999999998e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3457  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.45 
 
 		 935 aa  167  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 		 631 aa  168  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.74 
 
 		 738 aa  167  4e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2767  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.45 
 
 		 933 aa  167  4e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03530  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.82 
 
 		 932 aa  167  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.75 
 
 		 863 aa  166  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.83 
 
 		 867 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002502  BarA sensory histidine kinase  35.45 
 
 		 932 aa  166  1.0000000000000001e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.52 
 
 		 853 aa  166  2.0000000000000002e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1285  hybrid sensory histidine kinase BarA  33.58 
 
 		 937 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000000242189 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.91 
 
 		 743 aa  166  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2953  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.46 
 
 		 1202 aa  166  2.0000000000000002e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.999143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1056  two component hybrid sensor histidine kinase  36.33 
 
 		 1014 aa  165  3e-39  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2797  sensor kinase of Zn/Pb responsive two-component regulatory system  28.09 
 
 		 707 aa  165  3e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00000203115  normal  0.0370017 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.75 
 
 		 1771 aa  164  3e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 		 962 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2032  hybrid sensory histidine kinase BarA  35.07 
 
 		 927 aa  164  5.0000000000000005e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0864566  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.18 
 
 		 923 aa  164  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3505  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1784 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1191  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.67 
 
 		 950 aa  164  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000146059  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0902  Hpt sensor hybrid histidine kinase  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.594186  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0500  histidine kinase  24.69 
 
 		 940 aa  164  6e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2930  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0577629  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0870  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1786 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0926  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0352487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0858  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1792 aa  164  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3087  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000144797  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2924  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.301465  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4046  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0239535  normal  0.782421 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3238  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.32 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.943664  normal  0.0194611 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3090  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.19 
 
 		 918 aa  164  6e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000398111  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02631  hybrid sensory histidine kinase, in two-component regulatory system with UvrY  34.19 
 
 		 918 aa  164  7e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.228632  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02593  hypothetical protein  34.19 
 
 		 918 aa  164  7e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.252422  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0357  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.84 
 
 		 1310 aa  164  7e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.464939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2946  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.33 
 
 		 1303 aa  164  7e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1730  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 833 aa  163  8.000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0835  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.58 
 
 		 1782 aa  163  9e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3164  hybrid sensory histidine kinase BarA  34.6 
 
 		 918 aa  162  1e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0703153 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.91 
 
 		 780 aa  163  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>