More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2730 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  100 
 
 
638 aa  1289    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2109  diguanylate cyclase  32.8 
 
 
630 aa  323  7e-87  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.843932  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  34.46 
 
 
636 aa  318  2e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  31.13 
 
 
628 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  31.13 
 
 
621 aa  280  8e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0437  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  31.59 
 
 
628 aa  279  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.0211155 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  30.96 
 
 
628 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  34.3 
 
 
565 aa  277  5e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  30.94 
 
 
624 aa  273  9e-72  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  32.16 
 
 
631 aa  270  4e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  31.39 
 
 
610 aa  268  2e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3939  response regulator receiver domain-containing protein  31.27 
 
 
588 aa  266  8e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.238688  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  28.73 
 
 
625 aa  265  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  30.12 
 
 
624 aa  265  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  33.27 
 
 
612 aa  265  2e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0469  diguanylate cyclase  35.49 
 
 
601 aa  263  8.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.912167  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  31.42 
 
 
622 aa  259  1e-67  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4218  diguanylate cyclase  30.42 
 
 
631 aa  259  1e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  31.17 
 
 
628 aa  256  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  30.24 
 
 
621 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  31.97 
 
 
614 aa  256  1.0000000000000001e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  29.97 
 
 
625 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  29.56 
 
 
625 aa  253  7e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  29.46 
 
 
625 aa  253  9.000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1782  diguanylate cyclase  30.35 
 
 
629 aa  252  1e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0453  GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 
641 aa  251  3e-65  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  30.63 
 
 
641 aa  251  3e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05790  transmembrane signal transduction protein  34.31 
 
 
634 aa  223  9e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  27.47 
 
 
603 aa  223  9e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2871  response regulator  28.12 
 
 
564 aa  209  2e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  27.46 
 
 
611 aa  206  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4657  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.17 
 
 
662 aa  194  4e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.475165 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  26.36 
 
 
578 aa  190  8e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4339  sensor histidine kinase  33.65 
 
 
677 aa  189  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.691571  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4781  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
662 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238573 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3766  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 
802 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0676736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1134  two-component sensor  29.78 
 
 
795 aa  184  6e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0980947  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4796  sensor histidine kinase  32.91 
 
 
668 aa  182  1e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.679836  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0639  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 
663 aa  182  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5656  GGDEF domain-containing protein  32.12 
 
 
629 aa  181  4e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4944  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  31.39 
 
 
782 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.947631  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65090  hypothetical protein  31.2 
 
 
673 aa  181  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4835  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 
662 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.203793  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  32.09 
 
 
627 aa  176  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  25.12 
 
 
566 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  29.38 
 
 
570 aa  175  2.9999999999999996e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1301  diguanylate cyclase  28.8 
 
 
561 aa  165  3e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2538  GGDEF domain-containing protein  26.32 
 
 
648 aa  159  2e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000110944  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  26.52 
 
 
623 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3844  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.5 
 
 
867 aa  153  8.999999999999999e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3471  diguanylate cyclase  26.02 
 
 
618 aa  153  1e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2970  diguanylate cyclase  25.54 
 
 
557 aa  152  2e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.853836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  50 
 
 
395 aa  151  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  50 
 
 
395 aa  151  5e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  26.69 
 
 
641 aa  150  7e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3587  Diverse 7TM receptor transmembrane region  26.76 
 
 
642 aa  145  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.361331  hitchhiker  0.0015887 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
464 aa  145  2e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.19 
 
 
797 aa  145  2e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  24.72 
 
 
569 aa  144  4e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  35.17 
 
 
591 aa  143  9.999999999999999e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
319 aa  142  9.999999999999999e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  29.39 
 
 
487 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  41.05 
 
 
729 aa  141  3e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1316  Diverse 7TM receptor transmembrane region  25.39 
 
 
708 aa  141  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1440  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.71 
 
 
315 aa  141  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0301186  normal  0.059237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  46.06 
 
 
386 aa  140  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2458  diguanylate cyclase  41.3 
 
 
343 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.709604 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  40 
 
 
316 aa  139  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0313  diguanylate cyclase  26.85 
 
 
577 aa  139  1e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  43.3 
 
 
414 aa  139  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  46.2 
 
 
436 aa  139  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  51.23 
 
 
715 aa  139  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  44.26 
 
 
291 aa  139  2e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3218  diguanylate cyclase  45.45 
 
 
386 aa  139  2e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.317388 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  39.2 
 
 
323 aa  138  3.0000000000000003e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.23 
 
 
583 aa  138  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.68 
 
 
1099 aa  137  4e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4360  serine/threonine protein kinase  42.71 
 
 
1636 aa  137  5e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0308  diguanylate cyclase  25.96 
 
 
581 aa  137  6.0000000000000005e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.164957 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3589  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.17 
 
 
853 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.72 
 
 
680 aa  137  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  37.01 
 
 
561 aa  137  7.000000000000001e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
462 aa  137  8e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  41.52 
 
 
322 aa  136  9.999999999999999e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  41.14 
 
 
319 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1306  diguanylate cyclase  45.2 
 
 
615 aa  136  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.550913  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  43.9 
 
 
732 aa  136  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.32 
 
 
312 aa  136  9.999999999999999e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1387  diguanylate cyclase  43.3 
 
 
336 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.617999  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3711  diguanylate cyclase  26.45 
 
 
571 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.171778 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  40.91 
 
 
320 aa  136  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  46.25 
 
 
462 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.18 
 
 
344 aa  135  3e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  42.42 
 
 
1643 aa  135  3e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  40.89 
 
 
516 aa  135  3e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  42.6 
 
 
460 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  43.02 
 
 
1262 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  42.05 
 
 
1726 aa  134  3.9999999999999996e-30  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
462 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.26 
 
 
337 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>