More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3853 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  100 
 
 		 359 aa  733    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1193  diguanylate cyclase  43.28 
 
 		 353 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4307  diguanylate cyclase  41.89 
 
 		 350 aa  278  1e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.896568  normal  0.748721 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 371 aa  274  1.0000000000000001e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  39.58 
 
 		 357 aa  269  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 357 aa  266  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1172  diguanylate cyclase  41.84 
 
 		 361 aa  263  2e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00821476  hitchhiker  0.00260233 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  39.47 
 
 		 360 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3007  diguanylate cyclase  40.76 
 
 		 353 aa  255  7e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2049  diguanylate cyclase  43.92 
 
 		 357 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  39.26 
 
 		 358 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  39.65 
 
 		 358 aa  241  1e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1329  diguanylate cyclase  39.64 
 
 		 353 aa  241  1e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.681295  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0482  diguanylate cyclase AdrA  39.23 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0421  diguanylate cyclase AdrA  39.23 
 
 		 370 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0422  diguanylate cyclase AdrA  39.23 
 
 		 370 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.143029 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0440  diguanylate cyclase AdrA  38.94 
 
 		 370 aa  238  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0427  diguanylate cyclase AdrA  39.23 
 
 		 370 aa  237  2e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0453  diguanylate cyclase AdrA  38.33 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0412  diguanylate cyclase AdrA  38.33 
 
 		 371 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00332  predicted diguanylate cyclase  37.9 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3223  diguanylate cyclase  37.9 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3247  diguanylate cyclase AdrA  37.9 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0905888 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0415  diguanylate cyclase AdrA  37.9 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0459  diguanylate cyclase AdrA  37.9 
 
 		 371 aa  230  2e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00336  hypothetical protein  37.9 
 
 		 371 aa  231  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0302  diguanylate cyclase AdrA  38.04 
 
 		 366 aa  223  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0856  diguanylate cyclase AdrA  36.73 
 
 		 371 aa  223  4e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2010  diguanylate cyclase  34.73 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.379687  normal  0.0370672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1224  diguanylate cyclase  33.64 
 
 		 359 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.988641  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1051  diguanylate cyclase  32.35 
 
 		 350 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0154093  normal  0.979636 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5901  diguanylate cyclase  30.06 
 
 		 386 aa  157  3e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 316 aa  152  5.9999999999999996e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3512  diguanylate cyclase  40.19 
 
 		 318 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  44.75 
 
 		 319 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0921  putative GGDEF protein  34.93 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0621  diguanylate cyclase  44.2 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  40.78 
 
 		 322 aa  144  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 316 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 320 aa  142  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  39.07 
 
 		 321 aa  139  6e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4748  diguanylate cyclase  32.19 
 
 		 377 aa  139  7.999999999999999e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  33.23 
 
 		 498 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  34.04 
 
 		 380 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 332 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  32.18 
 
 		 498 aa  136  5e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 320 aa  135  9e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 324 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 319 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 523 aa  130  3e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02241  hypothetical protein  37.36 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  37.85 
 
 		 487 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.18 
 
 		 385 aa  129  6e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  41.62 
 
 		 382 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  45.14 
 
 		 353 aa  127  3e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1085  diguanylate cyclase  34.84 
 
 		 357 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  35.43 
 
 		 334 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 306 aa  126  7e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 172 aa  125  8.000000000000001e-28  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3306  diguanylate cyclase  38.03 
 
 		 324 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.198506  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 422 aa  125  1e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003519  diguanylate cyclase (GGDEF domain) with PAS/PAC sensor  36.72 
 
 		 280 aa  124  2e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000133532  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1445  putative diguanylate cyclase  31.99 
 
 		 381 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0717377  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  33.49 
 
 		 325 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.22 
 
 		 1079 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 458 aa  124  3e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 563 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  37.65 
 
 		 548 aa  123  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0569  sensory box/GGDEF family protein  39.33 
 
 		 324 aa  122  7e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1107  two component signal transduction response regulator  36.04 
 
 		 323 aa  122  7e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1749  PAS:GGDEF  43.03 
 
 		 476 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0218536  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 559 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  38.34 
 
 		 381 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.54 
 
 		 797 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.66 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0754  diguanylate cyclase  35.87 
 
 		 350 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  34.03 
 
 		 278 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1386  diguanylate cyclase  34.5 
 
 		 433 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.904062  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3794  diguanylate cyclase  37.04 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.807786  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3384  diguanylate cyclase  38.54 
 
 		 481 aa  121  1.9999999999999998e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.32659  normal  0.816188 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3920  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00763336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0531  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.842524  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1906  response regulator receiver domain-containing protein  37.77 
 
 		 603 aa  121  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3737  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 328 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0251056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 548 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  33.46 
 
 		 373 aa  121  1.9999999999999998e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  37.22 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2318  diguanylate cyclase  30.81 
 
 		 363 aa  120  3e-26  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 381 aa  120  3e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.02 
 
 		 419 aa  120  3e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0476  diguanylate cyclase  40 
 
 		 383 aa  120  3e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 322 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  38.32 
 
 		 1774 aa  120  3.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 564 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>