More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0530 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  100 
 
 		 392 aa  796    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 405 aa  157  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  48.48 
 
 		 680 aa  153  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 308 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.01 
 
 		 308 aa  150  5e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  40 
 
 		 413 aa  149  6e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 321 aa  145  1e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  30.37 
 
 		 389 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.51 
 
 		 797 aa  142  9.999999999999999e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0952  GGDEF domain-containing protein  37.62 
 
 		 430 aa  142  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0686  GGDEF/HAMP domain-containing protein  40.22 
 
 		 427 aa  141  1.9999999999999998e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  43.37 
 
 		 448 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.34 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.84 
 
 		 531 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  41.62 
 
 		 308 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 681 aa  140  4.999999999999999e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  34.53 
 
 		 380 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 611 aa  139  6e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0963  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 300 aa  139  7e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.45 
 
 		 322 aa  139  1e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0270  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 408 aa  138  2e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.588803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0255  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 408 aa  137  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000365905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.53 
 
 		 482 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  45.83 
 
 		 624 aa  137  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  46.02 
 
 		 325 aa  137  4e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.53 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  43.37 
 
 		 325 aa  137  4e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 316 aa  137  4e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.59 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  44.24 
 
 		 523 aa  136  6.0000000000000005e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 422 aa  136  8e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 398 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2774  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 530 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0489  diguanylate cyclase  29.33 
 
 		 384 aa  134  3.9999999999999996e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 317 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.72 
 
 		 843 aa  133  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0233  diguanylate cyclase  32.93 
 
 		 373 aa  133  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  41.58 
 
 		 385 aa  133  6e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.58 
 
 		 827 aa  133  6e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 411 aa  132  7.999999999999999e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  37.95 
 
 		 334 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 466 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 440 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 345 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5514  diguanylate cyclase  41.95 
 
 		 493 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.333875  normal  0.197216 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 495 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0266  GGDEF  45.12 
 
 		 690 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  45.12 
 
 		 696 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3168  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 362 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0146  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 645 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.369767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  42.51 
 
 		 307 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1194  diguanylate cyclase  45.86 
 
 		 471 aa  131  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.361877  normal  0.129887 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  41.38 
 
 		 464 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2325  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 350 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.74843  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  38.01 
 
 		 354 aa  130  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 		 578 aa  131  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 569 aa  130  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0144  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 642 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 1037 aa  130  4.0000000000000003e-29  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3563  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 386 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.178663  normal  0.195496 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 563 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2679  diguanylate cyclase  39.33 
 
 		 459 aa  130  4.0000000000000003e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1903  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  34.44 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0798  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 622 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.131749 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5204  diguanylate cyclase  40.33 
 
 		 466 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0140022  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.57 
 
 		 710 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3851  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 380 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344739 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  43.46 
 
 		 301 aa  130  6e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0953  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 494 aa  130  6e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.69 
 
 		 373 aa  130  6e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0467  diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 641 aa  130  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 467 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  42.44 
 
 		 386 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  43.87 
 
 		 559 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  44.12 
 
 		 298 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0129  GGDEF domain-containing protein  43.9 
 
 		 645 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.75 
 
 		 485 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 388 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0680  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 466 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2556  GGDEF domain-containing protein  41.28 
 
 		 518 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1377  diguanylate cyclase  39.41 
 
 		 368 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  41.71 
 
 		 796 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  42.29 
 
 		 721 aa  128  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 306 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 1774 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3704  diguanylate cyclase  33.1 
 
 		 460 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2511  diguanylate cyclase  42.69 
 
 		 686 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.315227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.6 
 
 		 464 aa  127  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  39.89 
 
 		 712 aa  128  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 454 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4128  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.59 
 
 		 663 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  38.82 
 
 		 466 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2740  diguanylate cyclase  44.58 
 
 		 555 aa  128  2.0000000000000002e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 370 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>