More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3406 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3406  diguanylate cyclase  100 
 
 		 388 aa  764    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.28 
 
 		 381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2523  diguanylate cyclase  47.19 
 
 		 587 aa  130  3e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  44.02 
 
 		 493 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  37.8 
 
 		 1637 aa  130  4.0000000000000003e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  44.02 
 
 		 493 aa  130  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.48 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.62 
 
 		 378 aa  130  6e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.89 
 
 		 772 aa  128  1.0000000000000001e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1789  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 794 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.993763  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2404  diguanylate cyclase  48.28 
 
 		 479 aa  127  3e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00227226  normal  0.966476 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  35.89 
 
 		 373 aa  127  5e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  39.6 
 
 		 392 aa  126  6e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 385 aa  126  7e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  45.68 
 
 		 306 aa  126  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.36 
 
 		 359 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.49 
 
 		 683 aa  125  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4604  diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 489 aa  125  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0797  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 385 aa  124  2e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.71316 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.86 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3308  diguanylate cyclase  39.08 
 
 		 603 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000660005  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1689  diguanylate cyclase  42.08 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.557347 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2008  diguanylate cyclase  43.02 
 
 		 574 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 513 aa  124  3e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 796 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.94 
 
 		 843 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 796 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 354 aa  123  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  42.93 
 
 		 493 aa  123  6e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  45.34 
 
 		 582 aa  122  7e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.58 
 
 		 632 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0241  diguanylate cyclase  35.63 
 
 		 640 aa  123  7e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  33.04 
 
 		 480 aa  122  9e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 532 aa  122  9.999999999999999e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3152  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 653 aa  122  9.999999999999999e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000175722  hitchhiker  0.00223393 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.33 
 
 		 901 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.59 
 
 		 610 aa  121  1.9999999999999998e-26  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.14 
 
 		 531 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  40 
 
 		 623 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3048  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 398 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.795755  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1821  diguanylate cyclase  37.62 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.017871  normal  0.191942 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1369  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.975059  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0283  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 391 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.714605  normal  0.0176427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 800 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1423  diguanylate cyclase  39.9 
 
 		 424 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.231514 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 508 aa  120  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3603  GGDEF domain-containing protein  37.25 
 
 		 641 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  44.07 
 
 		 552 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 796 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.18 
 
 		 505 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 519 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3218  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 532 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3428  diguanylate cyclase  38.77 
 
 		 425 aa  120  6e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.261309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3010  diguanylate cyclase  38.73 
 
 		 377 aa  119  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0798808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 422 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2693  diguanylate cyclase  44.71 
 
 		 570 aa  119  6e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 374 aa  119  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  29.04 
 
 		 339 aa  120  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0754  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.23 
 
 		 463 aa  119  7e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.952691  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.64 
 
 		 790 aa  119  7e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.51 
 
 		 419 aa  119  7e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.09 
 
 		 646 aa  119  7e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  39.79 
 
 		 387 aa  119  7e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.22 
 
 		 949 aa  119  7.999999999999999e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.62 
 
 		 425 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 261 aa  119  9e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  39.73 
 
 		 1643 aa  119  9e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2233  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.33 
 
 		 428 aa  119  9.999999999999999e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  29.92 
 
 		 768 aa  118  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.57 
 
 		 432 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3516  diguanylate cyclase  40 
 
 		 370 aa  119  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0429  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 469 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.469713 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.56 
 
 		 636 aa  118  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  44.51 
 
 		 792 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  37.14 
 
 		 451 aa  117  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2313  sensory box/GGDEF domain protein  41.38 
 
 		 323 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.447231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0909  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  34.66 
 
 		 781 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.015368  normal  0.142992 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  29.92 
 
 		 768 aa  118  1.9999999999999998e-25  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2218  GGDEF  44.51 
 
 		 448 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  27.17 
 
 		 487 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3855  serine/threonine protein kinase  40.91 
 
 		 1726 aa  118  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.993945  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1802  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 263 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  42.46 
 
 		 388 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  44.83 
 
 		 689 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  43.68 
 
 		 563 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2820  response regulator  44.85 
 
 		 462 aa  118  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.229785  normal  0.330149 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  40.22 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0719  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 370 aa  117  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0137  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.79 
 
 		 763 aa  117  3e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 495 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0196  diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 356 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.86 
 
 		 1774 aa  117  3e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2110  PAS:GGDEF  40.23 
 
 		 796 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.172113  normal  0.0218284 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.67 
 
 		 1212 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1145  diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 476 aa  117  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 510 aa  117  5e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0361  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  42.19 
 
 		 1254 aa  116  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>