More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2668 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  100 
 
 		 390 aa  757    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 388 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4379  diguanylate cyclase  33.96 
 
 		 419 aa  162  1e-38  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  31.25 
 
 		 413 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  46.71 
 
 		 493 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  46.99 
 
 		 342 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  46.71 
 
 		 493 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 405 aa  139  7e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 532 aa  139  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  48.05 
 
 		 555 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  42.42 
 
 		 684 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 382 aa  135  9e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 733 aa  135  9.999999999999999e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  46.51 
 
 		 360 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 409 aa  135  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  32.87 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  44.1 
 
 		 631 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 555 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.99 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  45.73 
 
 		 369 aa  134  3e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  40.7 
 
 		 220 aa  134  3e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.91 
 
 		 625 aa  134  3e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 411 aa  134  3e-30  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 381 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  46.91 
 
 		 493 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  42.29 
 
 		 732 aa  133  5e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 342 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  40.49 
 
 		 400 aa  133  6e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  32.87 
 
 		 381 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.44 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 247 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.86 
 
 		 525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 329 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4996  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.46 
 
 		 328 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.445077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 436 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 373 aa  131  2.0000000000000002e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  42.71 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 563 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  46.43 
 
 		 753 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.53 
 
 		 492 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 364 aa  130  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.58 
 
 		 730 aa  130  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 735 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  36.6 
 
 		 411 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.95 
 
 		 512 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 563 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  42.94 
 
 		 392 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3222  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 469 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0257406  normal  0.307548 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  41.24 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  43.11 
 
 		 456 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2096  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1616  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 796 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405684 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.2 
 
 		 578 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 1774 aa  128  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  41.07 
 
 		 426 aa  128  2.0000000000000002e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 722 aa  127  3e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  37.42 
 
 		 768 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  37.42 
 
 		 768 aa  127  3e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  46.3 
 
 		 508 aa  127  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  32.32 
 
 		 411 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1902  diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 469 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000136063  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3932  GGDEF domain-containing protein  42.55 
 
 		 402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0460046  normal  0.0449819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 569 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0797  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 408 aa  127  4.0000000000000003e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.71948  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  43.03 
 
 		 323 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 1037 aa  127  4.0000000000000003e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 532 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.72 
 
 		 476 aa  127  4.0000000000000003e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2730  diguanylate cyclase  39.13 
 
 		 638 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.814579  normal  0.595433 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.77 
 
 		 354 aa  127  5e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  40.11 
 
 		 335 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3381  diguanylate cyclase  43.79 
 
 		 622 aa  126  6e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.26 
 
 		 322 aa  126  6e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4293  GGDEF domain-containing protein  41.36 
 
 		 334 aa  126  7e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0725016  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 308 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  40.74 
 
 		 362 aa  126  7e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2413  response regulator PleD  45.45 
 
 		 457 aa  126  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.592932  normal  0.173821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3474  diguanylate cyclase  41.94 
 
 		 393 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0624369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 354 aa  126  7e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.76 
 
 		 308 aa  126  7e-28  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  46.1 
 
 		 551 aa  126  8.000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 621 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0532  GGDEF domain-containing protein  34.39 
 
 		 321 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  33.64 
 
 		 358 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 495 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  40.48 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2671  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 578 aa  125  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00272144  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0604  diguanylate cyclase  34.75 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.436873  normal  0.310553 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5658  putative diguanylate cyclase  30.03 
 
 		 395 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0922182 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  45.56 
 
 		 378 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 595 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5593  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.85 
 
 		 448 aa  124  2e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.37 
 
 		 796 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2867  diguanylate cyclase  40.12 
 
 		 402 aa  124  2e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1323  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 350 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134516  normal  0.420197 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.56 
 
 		 680 aa  124  2e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 628 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 559 aa  125  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>