More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1949 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  59.78 
 
 		 756 aa  847    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3833  diguanylate cyclase with GAF sensor  72.45 
 
 		 732 aa  1034    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  61.85 
 
 		 785 aa  883    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  100 
 
 		 733 aa  1483    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4216  diguanylate cyclase  26.85 
 
 		 717 aa  214  4.9999999999999996e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1870  GGDEF domain-containing protein  37.13 
 
 		 342 aa  207  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.76 
 
 		 792 aa  203  8e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4523  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.14 
 
 		 499 aa  197  6e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.833222 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.52 
 
 		 797 aa  196  1e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  26.99 
 
 		 680 aa  195  2e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.91 
 
 		 353 aa  187  7e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  34.81 
 
 		 353 aa  184  7e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1844  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.2 
 
 		 356 aa  181  4.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  32.47 
 
 		 681 aa  179  2e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0185  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.28 
 
 		 1125 aa  177  6e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.161564 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0165  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.15 
 
 		 710 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.683683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  28.82 
 
 		 1774 aa  171  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3072  diguanylate cyclase  32.84 
 
 		 356 aa  171  5e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000986718 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3745  diguanylate cyclase  27.87 
 
 		 681 aa  171  6e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1202  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 356 aa  169  2e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0240122  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.43 
 
 		 355 aa  167  5.9999999999999996e-40  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.9 
 
 		 675 aa  167  6.9999999999999995e-40  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12380  diguanylate cyclase  29.41 
 
 		 499 aa  165  3e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00534046  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  29.92 
 
 		 947 aa  164  5.0000000000000005e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  30.68 
 
 		 764 aa  160  7e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 758 aa  160  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.94 
 
 		 713 aa  159  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  31.77 
 
 		 764 aa  159  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  31.19 
 
 		 704 aa  158  3e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 764 aa  158  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0822  diguanylate cyclase  30.72 
 
 		 554 aa  157  6e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00155452  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  29.06 
 
 		 1073 aa  157  6e-37  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  37.83 
 
 		 732 aa  157  8e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2312  diguanylate cyclase with GAF sensor  32.09 
 
 		 597 aa  156  1e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1281  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.7 
 
 		 586 aa  155  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.44 
 
 		 686 aa  154  4e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0895  GAF domain/GGDEF domain-containing protein  30.77 
 
 		 688 aa  152  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0310961  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.59 
 
 		 550 aa  152  2e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3979  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.88 
 
 		 567 aa  152  3e-35  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000058301  hitchhiker  0.000000371669 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3659  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.17 
 
 		 362 aa  151  5e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.78 
 
 		 314 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0744  diguanylate cyclase  44.78 
 
 		 753 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165088  normal  0.416995 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.45 
 
 		 322 aa  148  4.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.46 
 
 		 709 aa  147  5e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2704  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.29 
 
 		 494 aa  147  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0570321  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21320  diguanylate cyclase  27.48 
 
 		 510 aa  147  6e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.56 
 
 		 609 aa  146  1e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.79 
 
 		 1078 aa  144  6e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.98 
 
 		 405 aa  144  8e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4131  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 369 aa  143  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5712  diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.54195  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.22 
 
 		 316 aa  142  3e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14870  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 462 aa  141  3e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.024895  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 325 aa  141  3e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1471  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 439 aa  141  3.9999999999999997e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0735  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.71 
 
 		 347 aa  141  4.999999999999999e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  32.88 
 
 		 388 aa  141  4.999999999999999e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6322  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.25 
 
 		 682 aa  139  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.314546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0691  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.81 
 
 		 742 aa  140  1e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  37.13 
 
 		 517 aa  139  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2097  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.77 
 
 		 800 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.115037 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1741  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 374 aa  139  3.0000000000000003e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.564976  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  37.44 
 
 		 792 aa  138  4e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  45.4 
 
 		 350 aa  138  4e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.44 
 
 		 841 aa  138  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2477  hypothetical protein  35.04 
 
 		 273 aa  138  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3677  response regulator PleD  43.83 
 
 		 461 aa  138  5e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345303  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2797  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 494 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.129294  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  43.41 
 
 		 414 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  43.03 
 
 		 492 aa  137  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2890  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 494 aa  137  6.0000000000000005e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  hitchhiker  0.00707629  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  37.44 
 
 		 836 aa  137  6.0000000000000005e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  35.81 
 
 		 565 aa  137  7.000000000000001e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 492 aa  137  7.000000000000001e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 531 aa  137  7.000000000000001e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  46.34 
 
 		 457 aa  137  8e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  44.44 
 
 		 308 aa  137  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0690  diguanylate cyclase  30.59 
 
 		 471 aa  136  9.999999999999999e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1177  two component signal transduction response regulator  33.83 
 
 		 470 aa  136  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3642  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.19 
 
 		 796 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127426  normal  0.751556 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1750  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.33 
 
 		 896 aa  136  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.42554 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1511  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.15 
 
 		 557 aa  137  9.999999999999999e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00005186  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  44.77 
 
 		 295 aa  136  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6003  diguanylate cyclase  36.96 
 
 		 371 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.753958  normal  0.321238 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1609  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.35 
 
 		 796 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.248445 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2880  GGDEF  36.76 
 
 		 410 aa  135  3e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.16195  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01741  Putative CHASE3/GGDEF domain-containing signal protein  36.09 
 
 		 563 aa  135  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 608 aa  135  3e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  45.76 
 
 		 390 aa  135  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1752  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 718 aa  135  3.9999999999999996e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.972307  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  43.71 
 
 		 227 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  44.05 
 
 		 237 aa  134  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  34.45 
 
 		 525 aa  134  6e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 436 aa  134  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0610  response regulator PleD  42.86 
 
 		 461 aa  134  9e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.961713  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  48.47 
 
 		 563 aa  134  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0575  response regulator PleD  42.86 
 
 		 456 aa  133  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 646 aa  133  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  42.26 
 
 		 451 aa  132  2.0000000000000002e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.24 
 
 		 730 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>