More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1128 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  100 
 
 		 563 aa  1144    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  77.48 
 
 		 559 aa  885    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  93.43 
 
 		 563 aa  1074    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2432  hypothetical protein  38.55 
 
 		 551 aa  349  7e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2310  diguanylate cyclase  36.81 
 
 		 555 aa  340  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000248825 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2700  diguanylate cyclase  36.28 
 
 		 555 aa  339  7e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 569 aa  192  9e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  46.39 
 
 		 413 aa  150  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0347  diguanylate cyclase with hemerythrin-like metal-binding domain  39.7 
 
 		 531 aa  140  6e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  43.81 
 
 		 281 aa  140  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 680 aa  136  9e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  46.25 
 
 		 381 aa  136  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0058  diguanylate cyclase  40.84 
 
 		 565 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.714624  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  43.2 
 
 		 381 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  44.31 
 
 		 436 aa  135  3e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.15 
 
 		 550 aa  134  5e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  45 
 
 		 381 aa  134  6e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 308 aa  133  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 308 aa  133  9e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.86 
 
 		 578 aa  132  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.6 
 
 		 411 aa  132  2.0000000000000002e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 1004 aa  131  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 414 aa  131  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  43.68 
 
 		 492 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.59 
 
 		 797 aa  131  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 681 aa  131  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64050  putative two-component response regulator  42.26 
 
 		 542 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  47.85 
 
 		 733 aa  130  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1412  diguanylate cyclase  40.21 
 
 		 516 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  44.57 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 559 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1908  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.69 
 
 		 519 aa  130  6e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.11693  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 464 aa  130  7.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  39.25 
 
 		 381 aa  130  9.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  43.72 
 
 		 378 aa  130  9.000000000000001e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 317 aa  130  9.000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  36.72 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.42 
 
 		 312 aa  129  2.0000000000000002e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.93 
 
 		 710 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 507 aa  129  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.98 
 
 		 730 aa  128  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  43.23 
 
 		 1774 aa  129  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.45 
 
 		 424 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3631  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 628 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5563  putative two-component response regulator  42.94 
 
 		 542 aa  128  3e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.591571  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3480  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 395 aa  128  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.232889  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 620 aa  128  3e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  46.88 
 
 		 380 aa  128  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  41.88 
 
 		 507 aa  128  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  43.83 
 
 		 395 aa  128  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 722 aa  127  4.0000000000000003e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  35.98 
 
 		 532 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3012  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.15 
 
 		 619 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.299906  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  34.08 
 
 		 596 aa  127  5e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0676  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 388 aa  127  5e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  30.19 
 
 		 735 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 304 aa  127  6e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 237 aa  127  6e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3264  diguanylate cyclase  40.25 
 
 		 375 aa  127  7e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.83 
 
 		 791 aa  127  8.000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  40.29 
 
 		 342 aa  127  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 382 aa  126  9e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  33.47 
 
 		 575 aa  126  9e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 577 aa  126  9e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0698  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 388 aa  126  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.814063  hitchhiker  0.00133482 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 575 aa  126  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 316 aa  126  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0530  response regulator receiver protein  42.58 
 
 		 392 aa  125  2e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.143294  normal  0.0713478 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  36.16 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 581 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 611 aa  125  2e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 581 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 581 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1174  diguanylate cyclase  39.25 
 
 		 274 aa  125  2e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 1037 aa  125  2e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  33.06 
 
 		 581 aa  125  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  42.24 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  38.15 
 
 		 346 aa  125  3e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  45.62 
 
 		 455 aa  125  3e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  40.35 
 
 		 474 aa  125  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1290  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 353 aa  124  4e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1787  diguanylate cyclase  41.3 
 
 		 272 aa  124  5e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0160657 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0124  diguanylate cyclase  41.1 
 
 		 492 aa  124  6e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00884448  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 753 aa  124  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  43.89 
 
 		 295 aa  124  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2021  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 381 aa  123  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  38.35 
 
 		 382 aa  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.28 
 
 		 438 aa  123  8e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 575 aa  123  8e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3853  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 359 aa  123  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  44.23 
 
 		 671 aa  123  8e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 827 aa  123  9e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 584 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0050  putative diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 696 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.315879  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 369 aa  123  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 579 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  38.59 
 
 		 437 aa  123  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>