More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1289 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  100 
 
 
595 aa  1222    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1413  diguanylate cyclase  43.73 
 
 
587 aa  450  1e-125  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.502195  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  41.37 
 
 
596 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  42.37 
 
 
575 aa  430  1e-119  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  38.61 
 
 
581 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  41.26 
 
 
575 aa  420  1e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  38.26 
 
 
581 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  38.43 
 
 
581 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  38.28 
 
 
593 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  40.9 
 
 
575 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1313  diguanylate cyclase  38.09 
 
 
581 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.386041  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  39.61 
 
 
577 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1244  GGDEF domain-containing protein  35.46 
 
 
578 aa  356  5.999999999999999e-97  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.118436  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1100  diguanylate cyclase  35.95 
 
 
576 aa  349  1e-94  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2382  GGDEF family protein  36.87 
 
 
649 aa  323  5e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0512687  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  32.63 
 
 
642 aa  293  6e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1526  diguanylate cyclase  47.08 
 
 
622 aa  261  3e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.480144  normal  0.0382354 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3000  diguanylate cyclase  29.96 
 
 
585 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0809  GGDEF domain-containing protein  36.55 
 
 
585 aa  203  9e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0546  GGDEF domain-containing protein  33.88 
 
 
589 aa  194  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3571  diguanylate cyclase  27.02 
 
 
610 aa  194  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0783  GGDEF domain-containing protein  32.32 
 
 
592 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0541  GGDEF domain-containing protein  34.13 
 
 
613 aa  177  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  29.61 
 
 
694 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001391  GGDEF domain protein  40 
 
 
327 aa  130  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00410317  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  37.65 
 
 
498 aa  127  6e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  40.12 
 
 
612 aa  127  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  41.21 
 
 
390 aa  125  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  39.63 
 
 
1774 aa  125  2e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  35.98 
 
 
604 aa  125  2e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1980  diguanylate cyclase  32.29 
 
 
417 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0208161  normal  0.907372 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 
308 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.88 
 
 
308 aa  125  3e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4930  diguanylate cyclase  39.11 
 
 
530 aa  124  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.22973 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1290  response regulator PleD  39.26 
 
 
457 aa  124  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0138689  hitchhiker  0.00259394 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0331  diguanylate cyclase  41.98 
 
 
318 aa  124  6e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.552505  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.18 
 
 
322 aa  123  7e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  31.27 
 
 
628 aa  123  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
237 aa  123  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
611 aa  123  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  36.07 
 
 
626 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  38.89 
 
 
329 aa  123  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
632 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  36.27 
 
 
495 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
307 aa  122  1.9999999999999998e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.5 
 
 
482 aa  121  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3824  diguanylate cyclase  36.14 
 
 
659 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2680  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
252 aa  121  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4234  diguanylate cyclase  41.4 
 
 
539 aa  121  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.256126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  40.8 
 
 
381 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1382  response regulator PleD  38.65 
 
 
457 aa  120  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  40.8 
 
 
381 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3910  diguanylate cyclase  34.91 
 
 
537 aa  120  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.283041  normal  0.244259 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  34.43 
 
 
321 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2191  diguanylate cyclase  32.29 
 
 
417 aa  120  7.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.300716  normal  0.177325 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3873  diguanylate cyclase  36.53 
 
 
430 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 
797 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  36.76 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  35.58 
 
 
451 aa  118  1.9999999999999998e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  36.05 
 
 
379 aa  119  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  38.1 
 
 
426 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  38.62 
 
 
1000 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0304  diguanylate cyclase  41.32 
 
 
464 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.22 
 
 
464 aa  118  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 
317 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3628  diguanylate cyclase  33.86 
 
 
388 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.04 
 
 
710 aa  118  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 
317 aa  118  3e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4666  diguanylate cyclase  39.87 
 
 
407 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00608192  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0504  GGDEF domain-containing protein  29.73 
 
 
385 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.910184  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.53 
 
 
314 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2189  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.5 
 
 
415 aa  117  5e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.49 
 
 
827 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.72 
 
 
486 aa  117  6e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0198  diguanylate cyclase  37.13 
 
 
312 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3587  diguanylate cyclase  37.5 
 
 
364 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.684884  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.73 
 
 
609 aa  117  7.999999999999999e-25  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.36 
 
 
559 aa  117  7.999999999999999e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.31 
 
 
324 aa  117  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  39.13 
 
 
345 aa  117  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.41 
 
 
730 aa  117  8.999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0939  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 
438 aa  117  8.999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.73 
 
 
709 aa  116  1.0000000000000001e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  40.12 
 
 
548 aa  116  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1212  diguanylate cyclase  38.42 
 
 
578 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0995  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.72 
 
 
792 aa  116  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.37011  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  35.57 
 
 
492 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  35.26 
 
 
243 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3376  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  38.46 
 
 
308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  41.92 
 
 
559 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  31.53 
 
 
354 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.87 
 
 
312 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2422  diguanylate cyclase  40.85 
 
 
532 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257185  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  42.26 
 
 
446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.99 
 
 
313 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0216  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.2 
 
 
328 aa  115  3e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00586587 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1143  diguanylate cyclase  39.47 
 
 
532 aa  114  3e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  38.46 
 
 
580 aa  115  3e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>