More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2709 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  86.62 
 
 		 411 aa  726    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 411 aa  826    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  75.63 
 
 		 411 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  74.17 
 
 		 410 aa  566  1e-160  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  62.69 
 
 		 409 aa  483  1e-135  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2736  diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 405 aa  176  9e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.428022 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5530  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 384 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0865314  normal  0.102631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2513  diguanylate cyclase  31.48 
 
 		 405 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0645209 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4164  diguanylate cyclase  33.77 
 
 		 384 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562104  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  35.78 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2441  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 403 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.933088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4428  diguanylate cyclase  36.77 
 
 		 383 aa  160  4e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.924554 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4429  diguanylate cyclase  34.38 
 
 		 384 aa  153  5e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0130  diguanylate cyclase  33.84 
 
 		 392 aa  149  8e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.922006  normal  0.941747 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  39.6 
 
 		 492 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  45.93 
 
 		 436 aa  146  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  42.25 
 
 		 360 aa  146  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  28.57 
 
 		 413 aa  144  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2077  diguanylate cyclase  50 
 
 		 382 aa  144  3e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.793636  normal  0.406002 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  44.38 
 
 		 316 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  45.62 
 
 		 582 aa  142  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  47.4 
 
 		 380 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4551  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.05 
 
 		 313 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.111866  normal  0.524526 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 431 aa  138  1e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  40.1 
 
 		 319 aa  139  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  44.83 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4417  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3387  diguanylate cyclase  30.92 
 
 		 385 aa  138  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.610096  normal  0.24043 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5175  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.56 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5684  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.56 
 
 		 313 aa  138  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.656373  hitchhiker  0.00195148 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  46.29 
 
 		 1000 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  42.11 
 
 		 493 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.91 
 
 		 438 aa  137  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1719  diguanylate cyclase with GAF sensor  43.86 
 
 		 563 aa  137  5e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0131  diguanylate cyclase  44.79 
 
 		 392 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5509  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.27 
 
 		 326 aa  136  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.872831  normal  0.058561 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3686  diguanylate cyclase  30.45 
 
 		 385 aa  135  9e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.557727  normal  0.196909 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4163  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3968  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 385 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0014  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.56 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.927772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2815  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.63 
 
 		 457 aa  134  1.9999999999999998e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.631579  normal  0.0857187 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  46.01 
 
 		 568 aa  135  1.9999999999999998e-30  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4776  diguanylate cyclase  39.91 
 
 		 403 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4045  diguanylate cyclase  42.16 
 
 		 385 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  47.27 
 
 		 451 aa  134  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0652  diguanylate cyclase  44.94 
 
 		 280 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3958  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 349 aa  134  3.9999999999999996e-30  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0131917  normal  0.325854 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  46.06 
 
 		 569 aa  134  3.9999999999999996e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  42.11 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3693  response regulator receiver domain-containing protein  41.28 
 
 		 476 aa  134  3.9999999999999996e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.963643  normal  0.0549661 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 493 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2363  GGDEF domain-containing protein  41.67 
 
 		 311 aa  133  5e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.282615  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4956  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 324 aa  133  5e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0364888 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.96 
 
 		 730 aa  133  5e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3170  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.62 
 
 		 312 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0256904  normal  0.861805 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  41.62 
 
 		 525 aa  133  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.84 
 
 		 307 aa  132  7.999999999999999e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  42.26 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  40.74 
 
 		 722 aa  132  1.0000000000000001e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3476  diguanylate cyclase  38.81 
 
 		 298 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00597173 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 470 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1815  diguanylate cyclase  45.45 
 
 		 379 aa  132  1.0000000000000001e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.404044 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  42.16 
 
 		 684 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03704  GGDEF domain protein  43.43 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1425  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 381 aa  131  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2608  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 380 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  46.63 
 
 		 525 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.89 
 
 		 708 aa  131  2.0000000000000002e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1536  diguanylate cyclase  37.88 
 
 		 278 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.370191  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 405 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1161  diguanylate cyclase  43.06 
 
 		 440 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0876222  normal  0.647833 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 559 aa  130  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7026  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.86 
 
 		 312 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.398098  hitchhiker  0.000000633587 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1277  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.3 
 
 		 454 aa  130  3e-29  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.410696  normal  0.0388481 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2409  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 381 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  46.2 
 
 		 261 aa  130  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3348  GGDEF domain-containing protein  39.41 
 
 		 381 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4141  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.62 
 
 		 312 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.812185  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  41.05 
 
 		 350 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1355  diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 487 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.133394  normal  0.478971 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.65 
 
 		 827 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  45.18 
 
 		 422 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0767  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.63 
 
 		 675 aa  130  6e-29  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000798179  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 497 aa  130  6e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0452  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 323 aa  130  6e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 482 aa  129  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0319  diguanylate cyclase  38.25 
 
 		 732 aa  130  6e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  39.15 
 
 		 578 aa  130  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2668  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 390 aa  130  6e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 396 aa  130  6e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  46.15 
 
 		 387 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2617  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 452 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.885697  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.34 
 
 		 728 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  43.35 
 
 		 624 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  39.34 
 
 		 395 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.17 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2571  diguanylate cyclase  42.7 
 
 		 452 aa  129  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0240912 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0926  response regulator PleD  44.85 
 
 		 455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.773886 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 317 aa  129  1.0000000000000001e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>